Научные исследования в Байкало-Ленском заповеднике проводятся с целью изучения уникального природного комплекса этого региона, сохранения его биоразнообразия и выявления факторов, влияющих на экосистемы.

Некоторые из проводимых исследований включают в себя изучение миграции животных, оценку состояния лесов и ландшафтов, изучение воздействия антропогенных факторов на природу, мониторинг изменений климата и погоды, а также охраны редких и исчезающих видов растений и животных.

В рамках проведения научных исследований в Байкало-Ленском заповеднике также изучаются вопросы, связанные с сохранением и восстановлением природных экосистем, разработкой мер по устойчивому использованию природных ресурсов и другие аспекты, направленные на сохранение биоразнообразия и природной ценности этого уникального уголка Земли.