В хламидомонаде, как и во многих других зеленых водорослях, обычно одноядерная клетка. В хлорелле также обычно одноядерная клетка, но существуют также варианты многоядерных клеток. У этих водорослей количество клеток варьируется в зависимости от условий окружающей среды и фазы их развития. Обычно каждая клетка содержит одно ядро.