"Значение" может быть как положительным, так и отрицательным. В вашем примере значение грибов в природе имеет как положительные, так и отрицательные стороны - участие в симбиозе и круговороте веществ положительно, в то время как способность вызывать болезни людей, растений и животных является отрицательным аспектом. Таким образом, значение может быть разносторонним и зависит от контекста.