Запах в организме и кишечнике, в том числе в стуле, обусловлен присутствием различных бактерий и процессами разложения пищи. Внутри кишечника, особенно в толстой кишке, содержится много полезных и условно-патогенных бактерий, которые участвуют в переваривании пищи и производстве газов.

Когда фекалии находятся в кишечнике, запах может быть не таким ощутимым из-за того, что они изолированы от кислорода и окружающей среды. Однако, когда они выходят наружу, происходит резкое изменение условий: фекалии контактируют с воздухом, и запах становится более заметным. Также, компоненты, которые ответственны за запах, могут выделяться в результате реакции с кислородом.

Кроме того, в кишечнике может находиться большое количество других веществ, которые нейтрализуют или снижают неприятный запах, тогда как при выходе фекалий эти вещества перестают действовать, и запах становится ощутимым.