Классическое задание: сравните механизмы регуляции экспрессии генов у прокариот и эукариот, выделите ключевые сходства и различия и объясните, как эти различия влияют на скорость адаптации к внезапным изменениям среды
Кратко и системно — механизмы регуляции у прокариот и эукариот, ключевые сходства и различия и влияние на скорость адаптации.
1) Основные принципы короткокороткокоротко
Прокариоты бактерии,археибактерии, археибактерии,археи: регуляция в основном на уровне транскрипции; часто оперонная организация генов; транскрипция и трансляция сочетаются во времени и пространстве; быстрые ответные механизмы альтернативныеσ−факторы,двухкомпонентныесистемы,sRNAальтернативные σ-факторы, двухкомпонентные системы, sRNAальтернативныеσ−факторы,двухкомпонентныесистемы,sRNA.Эукариоты грибы,растения,животныегрибы, растения, животныегрибы,растения,животные: многослойная регуляция хроматин→транскрипция→процессинг→транспорт→трансляция→посттрансляционныемодификациихроматин → транскрипция → процессинг → транспорт → трансляция → посттрансляционные модификациихроматин→транскрипция→процессинг→транспорт→трансляция→посттрансляционныемодификации; компартментализация ядроядроядро и сложная сеть сигналов и эпигенетики.
2) Механизмы у прокариот важноеважноеважное
Опероны и полицистронные мРНК: несколько генов под контролем одного промотора lac,trplac, trplac,trp.Регуляторные белки репрессоры,активаторырепрессоры, активаторырепрессоры,активаторы действуют напрямую на промотор/оператор.Альтернативные σ‑факторы быстро перенаправляют РНК‑полимеразу на нужные гены heatshock,стрессheat shock, стрессheatshock,стресс.Двухкомпонентные сенсорные системы рецептор−фосфотрансфер→ответныйрегуляторрецептор-фосфотрансфер → ответный регуляторрецептор−фосфотрансфер→ответныйрегулятор — быстрый сигнал «внешняя среда → транскрипция».Малые некодирующие РНК sRNAsRNAsRNA регулируют стабильность/трансляцию мРНК.Быстрая деградация мРНК порядкаминутпорядка минутпорядкаминут — быстрые изменения уровня белка при выключении синтеза.
3) Механизмы у эукариот
Хроматин/нуклеосомная упаковка: доступность ДНК контролируется ремоделированием, модификациями гистонов, метилированием ДНК.Комбинаторная регуляция: промоторы + энхансеры/супрессоры, длинные расстояния loopingloopinglooping, множество TFs.Процессинг мРНК сплайсинг,капирование,полиаденилированиесплайсинг, капирование, полиаденилированиесплайсинг,капирование,полиаденилирование — контроль вариантов и стабильности.Ядерный экспорт мРНК и разрыв транскрипции и трансляции по времени/пространству.miRNA/siRNA и различные RNP комплексы регулируют стабильность и трансляцию.Посттрансляционные модификации и убиквитин-зависимая деградация регулируют активность и продолжительность жизни белков.Эпигенетическая регуляция обеспечивает «память» состояний клеток.
4) Ключевые сходства
Универсальные типы регуляции: транскрипционные факторы, регуляторные РНК, контроль стабильности мРНК, контроль трансляции и посттрансляционные модификации — присутствуют в обеих группах.Циклы обратной связи положительные/отрицательныеположительные/отрицательныеположительные/отрицательные лежат в основе многих сетей у прокариот и эукариот.Сигнальные каскады переводят внешние сигналы в изменение экспрессии генов.
5) Ключевые различия четкочеткочетко
Простота vs сложность: у прокариот регуляция чаще проще прямыебелок→ДНКвзаимодействия,опероныпрямые белок→ДНК взаимодействия, опероныпрямыебелок→ДНКвзаимодействия,опероны; у эукариот — многослойная, с большим числом уровней контроля.Компрессионность генетической архитектуры: опероны полицистронныеполицистронныеполицистронные у прокариот vs мономорфные гены у эукариот.Компрартментализация: в прокариот нет ядра — трансляция может начинаться ещё во время транскрипции; у эукариот — задержка между трансCRIPTION и трансляцией.Хроматин и эпигенетика: критичны для эукариот, дают долговременную память; у большинства прокариот хроматиноподобные механизмы менее выражены.Временные масштабы мРНК/белков: мРНК прокариот короче живут минутыминутыминуты → быстрые изменения; мРНК эукариот дольше живут часычасычасы, что сглаживает колебания.Сигнальная интеграция и межклеточные коммуникации: у многоклеточных эукариот регулирование учитывает межклеточные сигналы и развитие медленнее,болеекоординированномедленнее, более координированномедленнее,болеекоординированно.
6) Как это влияет на скорость адаптации к внезапным изменениям среды
Быстрота ответа у прокариот:
Наличие оперонов и полицитронных мРНК позволяет одновременно включать набор функционально связанных белков.Отсутствие ядра и сопряжение транскрипции/трансляции обеспечивают очень быстрый выходной эффект — минуты.Быстрые сенсорные механизмы двухкомпонентныесистемы,альтернативныеσ−факторы,sRNAдвухкомпонентные системы, альтернативные σ-факторы, sRNAдвухкомпонентныесистемы,альтернативныеσ−факторы,sRNA дают оперативную перестройку экспрессии.Короткие времена жизни мРНК и белков позволяют быстро снизить производство ненужных белков.В результате бактерии могут «переключаться» на новый режим метаболизма в течение минут — критично при острых изменениях среды питание,стресс,антибиотикипитание, стресс, антибиотикипитание,стресс,антибиотики.
Скорость и характер ответа у эукариот:
Первичный транскрипционный ответ может быть достаточно быстрым напр.,«immediateearlygenes»активируютсязадесяткиминутнапр., «immediate early genes» активируются за десятки минутнапр.,«immediateearlygenes»активируютсязадесяткиминут, но общий путь от сигнала до функционального белка чаще занимает дольше — часы.Хроматиновые барьеры и необходимость процессинга/экспорта задерживают ответ, но дают возможность тонкой градации и устойчивой смены состояний.Эпигенетическая регуляция позволяет формировать долговременную адаптацию и «память» например,клеточнаядифференцировка,адаптациякхроническомустрессунапример, клеточная дифференцировка, адаптация к хроническому стрессунапример,клеточнаядифференцировка,адаптациякхроническомустрессу, но не так хорошо подходит для мгновенной реакции.Для быстрого реагирования эукариоты часто используют посттрансляционные механизмы фосфорилирование,релокациябелковфосфорилирование, релокация белковфосфорилирование,релокациябелков — эти механизмы быстры, но дают временный эффект и не заменяют глобальную перестройку транскрипции.
7) Примеры
Прокариоты: lac-оперон — переключение метаболизма в десятки минут; σ32 и heat-shock — быстрый переход к синтезу шаперонов; двухкомпонентные системы у бактерий и водорослей — мгновенная регуляция в ответ на смену среды.Эукариоты: гормон-опосредованная регуляция кортикостероидыкортикостероидыкортикостероиды — минуты/часы до эффекта на уровне транскрипции; перераспределение сигнальных каскадов и модификация уже существующих белков — быстрый кратковременный ответ, долговременная эпигенетическая перестройка — часы/дни.
8) Итог конспективноконспективноконспективно
Прокариоты: быстрая, прямолинейная регуляция, приспособлена к мгновенной адаптации популяции/клетки; меньшая сложность, быстрая динамика мРНК/белков.Эукариоты: более сложная, многоуровневая регуляция; медленнее в развёрнутой трансформации экспрессии, но более гибкая, точная и способная на долгосрочную память и координацию между клетками/ткани.Следствие: при внезапных изменениях среды бактерии часто выигрывают по скорости адаптации моментальнаясменапрограммыработымоментальная смена программы работымоментальнаясменапрограммыработы, тогда как эукариоты могут давать быстрые кратковременные ответы черезPTMисигнальныекаскадычерез PTM и сигнальные каскадычерезPTMисигнальныекаскады, а затем более медленные, устойчивые перестройки через транскрипцию и эпигенетику.
Если нужно — могу подготовить схему короткийсписок«механизм→скоростьответа→пример»короткий список «механизм → скорость ответа → пример»короткийсписок«механизм→скоростьответа→пример» или сравнение по временным шкалам для конкретных систем бактерияvsклеткамлекопитающегобактерия vs клетка млекопитающегобактерияvsклеткамлекопитающего.
Кратко и системно — механизмы регуляции у прокариот и эукариот, ключевые сходства и различия и влияние на скорость адаптации.
1) Основные принципы короткокороткокоротко
Прокариоты бактерии,археибактерии, археибактерии,археи: регуляция в основном на уровне транскрипции; часто оперонная организация генов; транскрипция и трансляция сочетаются во времени и пространстве; быстрые ответные механизмы альтернативныеσ−факторы,двухкомпонентныесистемы,sRNAальтернативные σ-факторы, двухкомпонентные системы, sRNAальтернативныеσ−факторы,двухкомпонентныесистемы,sRNA.Эукариоты грибы,растения,животныегрибы, растения, животныегрибы,растения,животные: многослойная регуляция хроматин→транскрипция→процессинг→транспорт→трансляция→посттрансляционныемодификациихроматин → транскрипция → процессинг → транспорт → трансляция → посттрансляционные модификациихроматин→транскрипция→процессинг→транспорт→трансляция→посттрансляционныемодификации; компартментализация ядроядроядро и сложная сеть сигналов и эпигенетики.2) Механизмы у прокариот важноеважноеважное
Опероны и полицистронные мРНК: несколько генов под контролем одного промотора lac,trplac, trplac,trp.Регуляторные белки репрессоры,активаторырепрессоры, активаторырепрессоры,активаторы действуют напрямую на промотор/оператор.Альтернативные σ‑факторы быстро перенаправляют РНК‑полимеразу на нужные гены heatshock,стрессheat shock, стрессheatshock,стресс.Двухкомпонентные сенсорные системы рецептор−фосфотрансфер→ответныйрегуляторрецептор-фосфотрансфер → ответный регуляторрецептор−фосфотрансфер→ответныйрегулятор — быстрый сигнал «внешняя среда → транскрипция».Малые некодирующие РНК sRNAsRNAsRNA регулируют стабильность/трансляцию мРНК.Быстрая деградация мРНК порядкаминутпорядка минутпорядкаминут — быстрые изменения уровня белка при выключении синтеза.3) Механизмы у эукариот
Хроматин/нуклеосомная упаковка: доступность ДНК контролируется ремоделированием, модификациями гистонов, метилированием ДНК.Комбинаторная регуляция: промоторы + энхансеры/супрессоры, длинные расстояния loopingloopinglooping, множество TFs.Процессинг мРНК сплайсинг,капирование,полиаденилированиесплайсинг, капирование, полиаденилированиесплайсинг,капирование,полиаденилирование — контроль вариантов и стабильности.Ядерный экспорт мРНК и разрыв транскрипции и трансляции по времени/пространству.miRNA/siRNA и различные RNP комплексы регулируют стабильность и трансляцию.Посттрансляционные модификации и убиквитин-зависимая деградация регулируют активность и продолжительность жизни белков.Эпигенетическая регуляция обеспечивает «память» состояний клеток.4) Ключевые сходства
Универсальные типы регуляции: транскрипционные факторы, регуляторные РНК, контроль стабильности мРНК, контроль трансляции и посттрансляционные модификации — присутствуют в обеих группах.Циклы обратной связи положительные/отрицательныеположительные/отрицательныеположительные/отрицательные лежат в основе многих сетей у прокариот и эукариот.Сигнальные каскады переводят внешние сигналы в изменение экспрессии генов.5) Ключевые различия четкочеткочетко
Простота vs сложность: у прокариот регуляция чаще проще прямыебелок→ДНКвзаимодействия,опероныпрямые белок→ДНК взаимодействия, опероныпрямыебелок→ДНКвзаимодействия,опероны; у эукариот — многослойная, с большим числом уровней контроля.Компрессионность генетической архитектуры: опероны полицистронныеполицистронныеполицистронные у прокариот vs мономорфные гены у эукариот.Компрартментализация: в прокариот нет ядра — трансляция может начинаться ещё во время транскрипции; у эукариот — задержка между трансCRIPTION и трансляцией.Хроматин и эпигенетика: критичны для эукариот, дают долговременную память; у большинства прокариот хроматиноподобные механизмы менее выражены.Временные масштабы мРНК/белков: мРНК прокариот короче живут минутыминутыминуты → быстрые изменения; мРНК эукариот дольше живут часычасычасы, что сглаживает колебания.Сигнальная интеграция и межклеточные коммуникации: у многоклеточных эукариот регулирование учитывает межклеточные сигналы и развитие медленнее,болеекоординированномедленнее, более координированномедленнее,болеекоординированно.6) Как это влияет на скорость адаптации к внезапным изменениям среды
Быстрота ответа у прокариот:
Наличие оперонов и полицитронных мРНК позволяет одновременно включать набор функционально связанных белков.Отсутствие ядра и сопряжение транскрипции/трансляции обеспечивают очень быстрый выходной эффект — минуты.Быстрые сенсорные механизмы двухкомпонентныесистемы,альтернативныеσ−факторы,sRNAдвухкомпонентные системы, альтернативные σ-факторы, sRNAдвухкомпонентныесистемы,альтернативныеσ−факторы,sRNA дают оперативную перестройку экспрессии.Короткие времена жизни мРНК и белков позволяют быстро снизить производство ненужных белков.В результате бактерии могут «переключаться» на новый режим метаболизма в течение минут — критично при острых изменениях среды питание,стресс,антибиотикипитание, стресс, антибиотикипитание,стресс,антибиотики.Скорость и характер ответа у эукариот:
Первичный транскрипционный ответ может быть достаточно быстрым напр.,«immediateearlygenes»активируютсязадесяткиминутнапр., «immediate early genes» активируются за десятки минутнапр.,«immediateearlygenes»активируютсязадесяткиминут, но общий путь от сигнала до функционального белка чаще занимает дольше — часы.Хроматиновые барьеры и необходимость процессинга/экспорта задерживают ответ, но дают возможность тонкой градации и устойчивой смены состояний.Эпигенетическая регуляция позволяет формировать долговременную адаптацию и «память» например,клеточнаядифференцировка,адаптациякхроническомустрессунапример, клеточная дифференцировка, адаптация к хроническому стрессунапример,клеточнаядифференцировка,адаптациякхроническомустрессу, но не так хорошо подходит для мгновенной реакции.Для быстрого реагирования эукариоты часто используют посттрансляционные механизмы фосфорилирование,релокациябелковфосфорилирование, релокация белковфосфорилирование,релокациябелков — эти механизмы быстры, но дают временный эффект и не заменяют глобальную перестройку транскрипции.7) Примеры
Прокариоты: lac-оперон — переключение метаболизма в десятки минут; σ32 и heat-shock — быстрый переход к синтезу шаперонов; двухкомпонентные системы у бактерий и водорослей — мгновенная регуляция в ответ на смену среды.Эукариоты: гормон-опосредованная регуляция кортикостероидыкортикостероидыкортикостероиды — минуты/часы до эффекта на уровне транскрипции; перераспределение сигнальных каскадов и модификация уже существующих белков — быстрый кратковременный ответ, долговременная эпигенетическая перестройка — часы/дни.8) Итог конспективноконспективноконспективно
Прокариоты: быстрая, прямолинейная регуляция, приспособлена к мгновенной адаптации популяции/клетки; меньшая сложность, быстрая динамика мРНК/белков.Эукариоты: более сложная, многоуровневая регуляция; медленнее в развёрнутой трансформации экспрессии, но более гибкая, точная и способная на долгосрочную память и координацию между клетками/ткани.Следствие: при внезапных изменениях среды бактерии часто выигрывают по скорости адаптации моментальнаясменапрограммыработымоментальная смена программы работымоментальнаясменапрограммыработы, тогда как эукариоты могут давать быстрые кратковременные ответы черезPTMисигнальныекаскадычерез PTM и сигнальные каскадычерезPTMисигнальныекаскады, а затем более медленные, устойчивые перестройки через транскрипцию и эпигенетику.Если нужно — могу подготовить схему короткийсписок«механизм→скоростьответа→пример»короткий список «механизм → скорость ответа → пример»короткийсписок«механизм→скоростьответа→пример» или сравнение по временным шкалам для конкретных систем бактерияvsклеткамлекопитающегобактерия vs клетка млекопитающегобактерияvsклеткамлекопитающего.