Случай из микробиологии: у пациентов в отделении интенсивной терапии отмечается вспышка устойчивой к карбапенемам бактерии; какие эпидемиологические и молекулярные исследования вы проведёте, чтобы установить источник и пути передачи, и какие меры контроля предложите
Ниже — практический план эпидемиологических, микробиологических/молекулярных исследований и мер контроля при вспышке карбапенем-устойчивых бактерий в ОИТ ориентированнонаCRE,CRAB,CRPseudomonas,ноприменимвцеломориентированно на CRE, CRAB, CR Pseudomonas, но применим в целомориентированнонаCRE,CRAB,CRPseudomonas,ноприменимвцелом.
1) Немедленные покаидутисследованияпока идут исследованияпокаидутисследования
Изоляция/кохортирование: всех подтверждённых пациентов разместить в одиночные палаты или ко-хортировать вместе; выделить персонал повозможностипо возможностиповозможности.Контактные меры: строгая гигиена рук, перчатки и халаты при контакте со всеми пациентами в отделении; ограничить мобильность пациентов и переносы между отделениями.Ограничить посещения/временные запреты на плановые переводы/приём новых пациентов в поражённое отделение по возможности.Интенсивная уборка и дезинфекция поверхностей и оборудования средства,эффективныепротивграм−:гипохлорит1000ppm,H2O2−спреи/пар,илиодобренныерастворысредства, эффективные против грам-: гипохлорит 1000 ppm, H2O2-спреи/пар, или одобренные растворысредства,эффективныепротивграм−:гипохлорит1000ppm,H2O2−спреи/пар,илиодобренныерастворы; уделить внимание переносимому оборудованию стетоскопы,УЗИ,ИВЛстетоскопы, УЗИ, ИВЛстетоскопы,УЗИ,ИВЛ.Начать скрининг контактов и пациентов в отделении см.нижесм. нижесм.ниже и усилить антибактериальную дисциплину antimicrobialstewardshipantimicrobial stewardshipantimicrobialstewardship.
Сформулировать стандартное определение случая confirmed–клинический/посевнойизолят;probable–колонизацияпоскринингуconfirmed – клинический/посевной изолят; probable – колонизация по скринингуconfirmed–клинический/посевнойизолят;probable–колонизацияпоскринингу.Составить line list: ФИО, пол, возраст, бол.номер, дата поступления/исхода, палата/кровать, симптомы, дата взятия проб, результат, антибиотики, инвазивные манипуляции, устройства катетеры,ИВЛкатетеры, ИВЛкатетеры,ИВЛ, контакт с другими пациентами/процедуры/персоналом.Анализ времени и места: эпидемиологическая кривая эпидемиологическоевремяначалаэпидемиологическое время началаэпидемиологическоевремяначала, карта размещения палат/кроватей, поиск высокорисковых процедур/оборудования.Выявить возможные общие источники местапроцедур,питание,медикаменты,инфузионныерастворы,резервуарыводыместа процедур, питание, медикаменты, инфузионные растворы, резервуары водыместапроцедур,питание,медикаменты,инфузионныерастворы,резервуарыводы.Провести скрининг «контактов» — все пациенты в отделении + пациенты, находившиеся в тех же палатах/а также пациенты, подвергавшиеся тем же процедурам эндоскопия,ИВЛ,диализэндоскопия, ИВЛ, диализэндоскопия,ИВЛ,диализ.Частота скрининга: при вспышке — при поступлении и затем еженедельно до 3 последовательных отрицательных обследований илисогласнолокальнымпротоколамили согласно локальным протоколамилисогласнолокальнымпротоколам.Рассмотреть аудит соблюдения мер инфекционного контроля наблюдение/инструктированиеперсоналанаблюдение/инструктирование персоналанаблюдение/инструктированиеперсонала.
3) Микробиологические и молекулярные исследования A. Что собирать
Клинические изоляты от всех подтверждённых случаев включаяпервыеипоследующиевыделениявключая первые и последующие выделениявключаяпервыеипоследующиевыделения.Скрининговые мазки для колонизации: ректальные/перинальные, глоточные/ориф. у пациентов на ИВЛ, раны, катетерные отверстия; для неферментеров — стомовые и рукавные образцы.Пробы окружающей среды: поверхности клавиатуры,мониторингклавиатуры, мониторингклавиатуры,мониторинг, оборудование, ИВЛ-фильтры, насосы инфузии, раковины/сифоны/сливы/стоки, краны/аэраторы, места подготовке медикаментов/контейнеры с лекарствами, эндоскопы.По обоснованию: пробы от персонала руки/перчатки,носоглоткаруки/перчатки, носоглоткаруки/перчатки,носоглотка — не рутинно, только при эпидемиологической необходимости.
B. Быстрая идентификация и тесты по резистентности
Идентификация вида MALDI−TOFиликлассическаяMALDI-TOF или классическаяMALDI−TOFиликлассическая.Антибиотикограмма MICдлякарбапенемовMIC для карбапенемовMICдлякарбапенемов.Фенотипические тесты карбапенемаз mCIM/eCIM,CarbaNPmCIM/eCIM, Carba NPmCIM/eCIM,CarbaNP, и/или коммерческие ленточные/лабо-полоски NG−TestCarba5NG-Test Carba 5NG−TestCarba5 для быстрого определения карбапенемаз.Молекулярный ПЦР-скрин multiplexmultiplexmultiplex на карбапенемазы: blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP, blaOXA-48–like.
C. Подробная молекулярная типизация / WGS
WGS IlluminaIlluminaIllumina каждого клинического и ключевых колонизационных/экологических изолятов — для оценки генетической связанности: SNP-анализ, core-genome MLST.Анализ плазмид: long-read OxfordNanopore/PacBioOxford Nanopore / PacBioOxfordNanopore/PacBio для выделения структуры плазмид и мобильных элементов, гибридная сборка Illumina+long−readIllumina + long-readIllumina+long−read чтобы реконструировать плазмиды/транспозоны.Плазмидная типировка Inc−типирование,PBRTInc-типирование, PBRTInc−типирование,PBRT, S1-PFGE и анализ конъюгабельности конъюгация/трансформацияконъюгация/трансформацияконъюгация/трансформация при необходимости — чтобы определить передачу плазмидов между видами.Если многообразие генов/плазмидов: сравнительный анализ локусов устойчивости integrons,IS−копииintegrons, IS-копииintegrons,IS−копии и их распространение.При необходимости — метагеномика высокаячувствительностьвысокая чувствительностьвысокаячувствительность для обнаружения резистентных генов в сточных водах/сливах.
D. Интеграция данных
Совместить эпидемиологические линии времени/расположение/контакты с данными WGS для построения вероятных путей передачи transmissiontreetransmission treetransmissiontree.Определить, это клональная вспышка одинштаммодин штаммодинштамм или межвидовая/плазмидная передача однаплазмидавразныхвидаходна плазмида в разных видаходнаплазмидавразныхвидах.
4) Уточняющие исследования для источников
Особое внимание на водные резервуары/сливы/раковины/шумы и оборудование с влажной средой чащерезерваторыдлянеферментеровиAcinetobacterчаще резерваторы для неферментеров и AcinetobacterчащерезерваторыдлянеферментеровиAcinetobacter.Проверить общие устройства/процедуры эндоскопы,бронхоскопы,УЗИ−щупы,инъекционныезоны,лекарства/растворыэндоскопы, бронхоскопы, УЗИ-щупы, инъекционные зоны, лекарства/растворыэндоскопы,бронхоскопы,УЗИ−щупы,инъекционныезоны,лекарства/растворы.Провести аудит стерилизации/дезинфекции, правил обращения с многоразовым оборудованием, сменой перчаток и уборкой.Проверить соблюдение процедуры доступа к медикаментам/подготовки инфузионных растворов.
5) Меры контроля и предотвращения распространения Краткосрочные срочно,24–72чсрочно, 24–72 чсрочно,24–72ч
Изоляция пациентов/кохортирование и выделение персонала.Экстренная проверка и усиление гигиены рук контрольсоблюдения—наблюдение/обратнаясвязьконтроль соблюдения — наблюдение/обратная связьконтрольсоблюдения—наблюдение/обратнаясвязь.Скрининг всех пациентов в отделении и контактных.Ограничить использование общих приборов; использовать одноразовые изделия где возможно.Интенсивная уборка с проверкой эффективности контрольчистоты,люминесцентныемаркерыконтроль чистоты, люминесцентные маркерыконтрольчистоты,люминесцентныемаркеры.Прекращение ненужных антибактериальных назначений; ревизия эмпирической терапии.
Среднесрочные дни–неделидни–неделидни–недели
Регулярные point-prevalence скрининги еженедельноеженедельноеженедельно, пока не будет 3 подряд отрицательных.Внедрение/усиление протоколов для процедур, стерилизации и подготовки лекарств.Если источником являются раковины/сливы — рассмотреть повторяющуюся дезинфекцию, удаление засоров, изменение конструкции раковин, физические барьеры закрытиесливовзакрытие сливовзакрытиесливов, установка обратных клапанов и т. п.Рассмотреть применение средств полной дезинфекции воздуха/поверхностей вспышечнаяобработкаH2O2паром,УФ−Cвспышечная обработка H2O2 паром, УФ-CвспышечнаяобработкаH2O2паром,УФ−C в заражённых палатах между пациентами.
Долгосрочные
Ревизия протоколов инфекционного контроля, обучение персонала.Программы антимикробной политики и мониторинга использования антибиотиков.Модернизация инфраструктуры: изменение конструкции раковин/сливов, санитарных узлов, выделение контактных зон для процедуры.Внедрение системы быстрой диагностики PCR,Carba5PCR, Carba5PCR,Carba5 для ускоренного принятия решений.
6) Дополнительные рекомендации и ограничения
Скрининг персонала проводить только при явных данных эпидемиологической связи с конкретным персоналом иначенизкаяэффективностьирискинарушенийиначе низкая эффективность и риски нарушенийиначенизкаяэффективностьирискинарушений.Деколонизация для CRE/CR не рекомендована в рутинной практике опасностьрецидива,ограниченнаяэффективностьопасность рецидива, ограниченная эффективностьопасностьрецидива,ограниченнаяэффективность; обсуждать индивидуально в особых ситуациях.Отчётность: уведомить местные органы здравоохранения/инфекционного контроля; рассмотреть возможность внешней консультации микробиолога/эпидемиолога.Критерии окончания вспышки: отсутствие новых случаев в отделении в течение, как правило, 3 последовательных еженедельных скринингов или2–3инкубационныхпериодаполокальнымрекомендациямили 2–3 инкубационных периода по локальным рекомендациямили2–3инкубационныхпериодаполокальнымрекомендациям, подтверждённое отрицательными результатами посева/ПЦР и улучшением практик ИК.
7) Практические сроки и приоритеты исследований
Срочно 24–48ч24–48 ч24–48ч: подтверждение вида и карбапенемаза ленточный/PCRленточный/PCRленточный/PCR, изоляция пациентов, начальный скрининг контактов.В течение недели: WGS ключевых изолятов для понимания связности; первые результаты ПЦР/Carba5 — в часы/сутки.1–3 нед.: интеграция WGS + эпидемиологии, детальные экологические пробы и, при необходимости, лонг-рид секвенирование плазмидов.Контрольные point-prevalence обследования еженедельно до стабилизации.
8) Типичные результаты и их интерпретация
Клоническая вспышка одинST/низкийSNP−разбросодин ST/низкий SNP-разбросодинST/низкийSNP−разброс: скорее передача пациент→пациент или через общие приборы/персонал.Разные штаммы, но одинаковая плазмида с bla-геном: горизонтальная передача плазмиды контаминацияинфраструктуры/медикаментов/водыконтаминация инфраструктуры/медикаментов/водыконтаминацияинфраструктуры/медикаментов/воды.Выделение таких же штаммов в сливе/раковине: резервуар окружающей среды → источник повторных колонизаций; требует вмешательства в сантехнику/удаление источника.
Если хотите, могу:
Предложить шаблон line-list и алгоритм скрининга/изоляции.Описать конкретный лабораторный алгоритм какиетестывкакойпоследовательностииожидаемыесрокикакие тесты в какой последовательности и ожидаемые срокикакиетестывкакойпоследовательностииожидаемыесроки.Помочь интерпретировать WGS-отчёт, если появятся данные.
Готов предоставить детализацию под ваш конкретный микроб Enterobacterales,Acinetobacter,PseudomonasEnterobacterales, Acinetobacter, PseudomonasEnterobacterales,Acinetobacter,Pseudomonas и под ресурсы вашей лаборатории.
Ниже — практический план эпидемиологических, микробиологических/молекулярных исследований и мер контроля при вспышке карбапенем-устойчивых бактерий в ОИТ ориентированнонаCRE,CRAB,CRPseudomonas,ноприменимвцеломориентированно на CRE, CRAB, CR Pseudomonas, но применим в целомориентированнонаCRE,CRAB,CRPseudomonas,ноприменимвцелом.
1) Немедленные покаидутисследованияпока идут исследованияпокаидутисследования
Изоляция/кохортирование: всех подтверждённых пациентов разместить в одиночные палаты или ко-хортировать вместе; выделить персонал повозможностипо возможностиповозможности.Контактные меры: строгая гигиена рук, перчатки и халаты при контакте со всеми пациентами в отделении; ограничить мобильность пациентов и переносы между отделениями.Ограничить посещения/временные запреты на плановые переводы/приём новых пациентов в поражённое отделение по возможности.Интенсивная уборка и дезинфекция поверхностей и оборудования средства,эффективныепротивграм−:гипохлорит1000ppm,H2O2−спреи/пар,илиодобренныерастворысредства, эффективные против грам-: гипохлорит 1000 ppm, H2O2-спреи/пар, или одобренные растворысредства,эффективныепротивграм−:гипохлорит1000ppm,H2O2−спреи/пар,илиодобренныерастворы; уделить внимание переносимому оборудованию стетоскопы,УЗИ,ИВЛстетоскопы, УЗИ, ИВЛстетоскопы,УЗИ,ИВЛ.Начать скрининг контактов и пациентов в отделении см.нижесм. нижесм.ниже и усилить антибактериальную дисциплину antimicrobialstewardshipantimicrobial stewardshipantimicrobialstewardship.2) Эпидемиологическое расследование параллельнопараллельнопараллельно
Сформулировать стандартное определение случая confirmed–клинический/посевнойизолят;probable–колонизацияпоскринингуconfirmed – клинический/посевной изолят; probable – колонизация по скринингуconfirmed–клинический/посевнойизолят;probable–колонизацияпоскринингу.Составить line list: ФИО, пол, возраст, бол.номер, дата поступления/исхода, палата/кровать, симптомы, дата взятия проб, результат, антибиотики, инвазивные манипуляции, устройства катетеры,ИВЛкатетеры, ИВЛкатетеры,ИВЛ, контакт с другими пациентами/процедуры/персоналом.Анализ времени и места: эпидемиологическая кривая эпидемиологическоевремяначалаэпидемиологическое время началаэпидемиологическоевремяначала, карта размещения палат/кроватей, поиск высокорисковых процедур/оборудования.Выявить возможные общие источники местапроцедур,питание,медикаменты,инфузионныерастворы,резервуарыводыместа процедур, питание, медикаменты, инфузионные растворы, резервуары водыместапроцедур,питание,медикаменты,инфузионныерастворы,резервуарыводы.Провести скрининг «контактов» — все пациенты в отделении + пациенты, находившиеся в тех же палатах/а также пациенты, подвергавшиеся тем же процедурам эндоскопия,ИВЛ,диализэндоскопия, ИВЛ, диализэндоскопия,ИВЛ,диализ.Частота скрининга: при вспышке — при поступлении и затем еженедельно до 3 последовательных отрицательных обследований илисогласнолокальнымпротоколамили согласно локальным протоколамилисогласнолокальнымпротоколам.Рассмотреть аудит соблюдения мер инфекционного контроля наблюдение/инструктированиеперсоналанаблюдение/инструктирование персоналанаблюдение/инструктированиеперсонала.3) Микробиологические и молекулярные исследования
Клинические изоляты от всех подтверждённых случаев включаяпервыеипоследующиевыделениявключая первые и последующие выделениявключаяпервыеипоследующиевыделения.Скрининговые мазки для колонизации: ректальные/перинальные, глоточные/ориф. у пациентов на ИВЛ, раны, катетерные отверстия; для неферментеров — стомовые и рукавные образцы.Пробы окружающей среды: поверхности клавиатуры,мониторингклавиатуры, мониторингклавиатуры,мониторинг, оборудование, ИВЛ-фильтры, насосы инфузии, раковины/сифоны/сливы/стоки, краны/аэраторы, места подготовке медикаментов/контейнеры с лекарствами, эндоскопы.По обоснованию: пробы от персонала руки/перчатки,носоглоткаруки/перчатки, носоглоткаруки/перчатки,носоглотка — не рутинно, только при эпидемиологической необходимости.A. Что собирать
B. Быстрая идентификация и тесты по резистентности
Идентификация вида MALDI−TOFиликлассическаяMALDI-TOF или классическаяMALDI−TOFиликлассическая.Антибиотикограмма MICдлякарбапенемовMIC для карбапенемовMICдлякарбапенемов.Фенотипические тесты карбапенемаз mCIM/eCIM,CarbaNPmCIM/eCIM, Carba NPmCIM/eCIM,CarbaNP, и/или коммерческие ленточные/лабо-полоски NG−TestCarba5NG-Test Carba 5NG−TestCarba5 для быстрого определения карбапенемаз.Молекулярный ПЦР-скрин multiplexmultiplexmultiplex на карбапенемазы: blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP, blaOXA-48–like.C. Подробная молекулярная типизация / WGS
WGS IlluminaIlluminaIllumina каждого клинического и ключевых колонизационных/экологических изолятов — для оценки генетической связанности: SNP-анализ, core-genome MLST.Анализ плазмид: long-read OxfordNanopore/PacBioOxford Nanopore / PacBioOxfordNanopore/PacBio для выделения структуры плазмид и мобильных элементов, гибридная сборка Illumina+long−readIllumina + long-readIllumina+long−read чтобы реконструировать плазмиды/транспозоны.Плазмидная типировка Inc−типирование,PBRTInc-типирование, PBRTInc−типирование,PBRT, S1-PFGE и анализ конъюгабельности конъюгация/трансформацияконъюгация/трансформацияконъюгация/трансформация при необходимости — чтобы определить передачу плазмидов между видами.Если многообразие генов/плазмидов: сравнительный анализ локусов устойчивости integrons,IS−копииintegrons, IS-копииintegrons,IS−копии и их распространение.При необходимости — метагеномика высокаячувствительностьвысокая чувствительностьвысокаячувствительность для обнаружения резистентных генов в сточных водах/сливах.D. Интеграция данных
Совместить эпидемиологические линии времени/расположение/контакты с данными WGS для построения вероятных путей передачи transmissiontreetransmission treetransmissiontree.Определить, это клональная вспышка одинштаммодин штаммодинштамм или межвидовая/плазмидная передача однаплазмидавразныхвидаходна плазмида в разных видаходнаплазмидавразныхвидах.4) Уточняющие исследования для источников
Особое внимание на водные резервуары/сливы/раковины/шумы и оборудование с влажной средой чащерезерваторыдлянеферментеровиAcinetobacterчаще резерваторы для неферментеров и AcinetobacterчащерезерваторыдлянеферментеровиAcinetobacter.Проверить общие устройства/процедуры эндоскопы,бронхоскопы,УЗИ−щупы,инъекционныезоны,лекарства/растворыэндоскопы, бронхоскопы, УЗИ-щупы, инъекционные зоны, лекарства/растворыэндоскопы,бронхоскопы,УЗИ−щупы,инъекционныезоны,лекарства/растворы.Провести аудит стерилизации/дезинфекции, правил обращения с многоразовым оборудованием, сменой перчаток и уборкой.Проверить соблюдение процедуры доступа к медикаментам/подготовки инфузионных растворов.5) Меры контроля и предотвращения распространения
Изоляция пациентов/кохортирование и выделение персонала.Экстренная проверка и усиление гигиены рук контрольсоблюдения—наблюдение/обратнаясвязьконтроль соблюдения — наблюдение/обратная связьконтрольсоблюдения—наблюдение/обратнаясвязь.Скрининг всех пациентов в отделении и контактных.Ограничить использование общих приборов; использовать одноразовые изделия где возможно.Интенсивная уборка с проверкой эффективности контрольчистоты,люминесцентныемаркерыконтроль чистоты, люминесцентные маркерыконтрольчистоты,люминесцентныемаркеры.Прекращение ненужных антибактериальных назначений; ревизия эмпирической терапии.Краткосрочные срочно,24–72чсрочно, 24–72 чсрочно,24–72ч
Среднесрочные дни–неделидни–неделидни–недели
Регулярные point-prevalence скрининги еженедельноеженедельноеженедельно, пока не будет 3 подряд отрицательных.Внедрение/усиление протоколов для процедур, стерилизации и подготовки лекарств.Если источником являются раковины/сливы — рассмотреть повторяющуюся дезинфекцию, удаление засоров, изменение конструкции раковин, физические барьеры закрытиесливовзакрытие сливовзакрытиесливов, установка обратных клапанов и т. п.Рассмотреть применение средств полной дезинфекции воздуха/поверхностей вспышечнаяобработкаH2O2паром,УФ−Cвспышечная обработка H2O2 паром, УФ-CвспышечнаяобработкаH2O2паром,УФ−C в заражённых палатах между пациентами.Долгосрочные
Ревизия протоколов инфекционного контроля, обучение персонала.Программы антимикробной политики и мониторинга использования антибиотиков.Модернизация инфраструктуры: изменение конструкции раковин/сливов, санитарных узлов, выделение контактных зон для процедуры.Внедрение системы быстрой диагностики PCR,Carba5PCR, Carba5PCR,Carba5 для ускоренного принятия решений.6) Дополнительные рекомендации и ограничения
Скрининг персонала проводить только при явных данных эпидемиологической связи с конкретным персоналом иначенизкаяэффективностьирискинарушенийиначе низкая эффективность и риски нарушенийиначенизкаяэффективностьирискинарушений.Деколонизация для CRE/CR не рекомендована в рутинной практике опасностьрецидива,ограниченнаяэффективностьопасность рецидива, ограниченная эффективностьопасностьрецидива,ограниченнаяэффективность; обсуждать индивидуально в особых ситуациях.Отчётность: уведомить местные органы здравоохранения/инфекционного контроля; рассмотреть возможность внешней консультации микробиолога/эпидемиолога.Критерии окончания вспышки: отсутствие новых случаев в отделении в течение, как правило, 3 последовательных еженедельных скринингов или2–3инкубационныхпериодаполокальнымрекомендациямили 2–3 инкубационных периода по локальным рекомендациямили2–3инкубационныхпериодаполокальнымрекомендациям, подтверждённое отрицательными результатами посева/ПЦР и улучшением практик ИК.7) Практические сроки и приоритеты исследований
Срочно 24–48ч24–48 ч24–48ч: подтверждение вида и карбапенемаза ленточный/PCRленточный/PCRленточный/PCR, изоляция пациентов, начальный скрининг контактов.В течение недели: WGS ключевых изолятов для понимания связности; первые результаты ПЦР/Carba5 — в часы/сутки.1–3 нед.: интеграция WGS + эпидемиологии, детальные экологические пробы и, при необходимости, лонг-рид секвенирование плазмидов.Контрольные point-prevalence обследования еженедельно до стабилизации.8) Типичные результаты и их интерпретация
Клоническая вспышка одинST/низкийSNP−разбросодин ST/низкий SNP-разбросодинST/низкийSNP−разброс: скорее передача пациент→пациент или через общие приборы/персонал.Разные штаммы, но одинаковая плазмида с bla-геном: горизонтальная передача плазмиды контаминацияинфраструктуры/медикаментов/водыконтаминация инфраструктуры/медикаментов/водыконтаминацияинфраструктуры/медикаментов/воды.Выделение таких же штаммов в сливе/раковине: резервуар окружающей среды → источник повторных колонизаций; требует вмешательства в сантехнику/удаление источника.Если хотите, могу:
Предложить шаблон line-list и алгоритм скрининга/изоляции.Описать конкретный лабораторный алгоритм какиетестывкакойпоследовательностииожидаемыесрокикакие тесты в какой последовательности и ожидаемые срокикакиетестывкакойпоследовательностииожидаемыесроки.Помочь интерпретировать WGS-отчёт, если появятся данные.Готов предоставить детализацию под ваш конкретный микроб Enterobacterales,Acinetobacter,PseudomonasEnterobacterales, Acinetobacter, PseudomonasEnterobacterales,Acinetobacter,Pseudomonas и под ресурсы вашей лаборатории.