Кейс: в лаборатории наблюдается, что при инкубации семян при пониженной температуре прорастание задерживается, но в результате растения вырастают более устойчивыми к холоду; объясните возможные эпигенетические и гормональные механизмы
Коротко: предактивация семян низкой температурой может одновременно замедлить выход из покоя черезгормональнуюрегуляциюABA/GAизамедлениеметаболизмачерез гормональную регуляцию ABA/GA и замедление метаболизмачерезгормональнуюрегуляциюABA/GAизамедлениеметаболизма и «запрограммировать» генетические сети холодовой устойчивости черезэпигенетическиеизменениячерез эпигенетические изменениячерезэпигенетическиеизменения, так что уже выросшие растения быстрее/сильнее запускают холодо‑ответы и лучше переносят морозы. Ниже — возможные конкретные механизмы и способы их проверки.
1) Гормональные механизмы
Баланс ABA / GA. Низкая температура при увлажнении семян часто повышает уровень абсцизовой кислоты ABAABAABA или чувствительность к ней и/или снижает биосинтез гиббереллинов GAGAGA. Повышенный ABA и/или пониженный GA поддерживают или продлевают спящее состояние → задержка прорастания.Регуляторы покоя: ABI3/ABI5 и DOG1. Эти транскрипторы усиливаются под воздействием ABA и контролируют гены покоя; их повышенная активность удерживает семя в состоянии покоя.DELLA-протеины / GA‑сигналинг. При низком GA накапливаются DELLA, которые усиливают устойчивость к стрессам черезиндукциюантоцианов,антиоксидантов,модификациюростачерез индукцию антоцианов, антиоксидантов, модификацию ростачерезиндукциюантоцианов,антиоксидантов,модификациюроста.Подготовка к стрессу primingprimingpriming через гормоны. Холодная предобработка может повысить способность тканей позже быстро мобилизовать ABA/ET/JA/SA и ROS-сигналинг при следующем холодовом воздействии, улучшая ответные реакции например,накоплениеосмопротектантов,шаперонов,антиоксидантныхферментовнапример, накопление осмопротектантов, шаперонов, антиоксидантных ферментовнапример,накоплениеосмопротектантов,шаперонов,антиоксидантныхферментов.
2) Эпигенетические механизмы
Модификации гистонов. Холод может менять уровни активирующих меток H3K4me2/3H3K4me2/3H3K4me2/3 или репрессивных H3K27me3H3K27me3H3K27me3 в промоторах генов холодового ответа CBF/DREB,CORCBF/DREB, CORCBF/DREB,COR, а также в регуляторах гормонального пути ABI3,DOG1,GA‑biosynthesisgenesABI3, DOG1, GA‑biosynthesis genesABI3,DOG1,GA‑biosynthesisgenes. Активирующие метки «помечают» гены для более быстрого запуска при последующем стрессе.ДНК‑метилирование. Изменения метилирования в промоторных/регуляторных участках могут стабильно вт.ч.частичнотранcгенерационнов т.ч. частично транcгенерационновт.ч.частичнотранcгенерационно менять уровень базальной экспрессии или индуцируемость стресс‑генов.Малые РНК miRNA/siRNAmiRNA/siRNAmiRNA/siRNA. Холод может изменить профиль miRNA напр.miR156/miR172напр. miR156/miR172напр.miR156/miR172, влияющий на фазовые переходы, рост и стрессовую устойчивость; siRNA‑посредованная РНК‑метилирование может модифицировать локальные участки хроматина.Хроматиновая перестройка и вариации гистоновых вариантов напр.H2A.Zнапр. H2A.Zнапр.H2A.Z — чувствительны к температуре и влияют на чувствительность промоторов к транскрипции.«Память» / priming. Часто наблюдается стойкая вегетативнаяилидажечастичнопередающаясяпотомствувегетативная или даже частично передающаяся потомствувегетативнаяилидажечастичнопередающаясяпотомству эпигенетическая память: после холодной предобработки гены холодового ответа быстрее/больше транскрибируются при следующем воздействии.
3) Кросс‑связь эпигенетики и гормонов
Эпигенетические изменения в генах ABA/GA‑метаболизма или в регуляторах ABI/DOG1 могут одновременно объяснять отсрочку прорастания черезповышеннуюABA‑активностьчерез повышенную ABA‑активностьчерезповышеннуюABA‑активность и последующую повышенную индуцибельность холодовых генов.Примерно: холод → повышение H3K4me3 в промоторах CBF/COR → при дальнейшем похолодании быстрый рост транскрипции COR → лучшая морозоустойчивость. Параллельно холод → повышение ABA или устойчивости к ABA черезэпигенетическоеповышениеABI3через эпигенетическое повышение ABI3черезэпигенетическоеповышениеABI3 → задержка прорастания.
4) Молекулярные «узловые» участники, которые часто упоминают в литературе
CBF/DREB и COR‑гены холод−ответхолод-ответхолод−ответ.ICE1, HOS1 регуляцияCBF,убиквитинированиерегуляция CBF, убиквитинированиерегуляцияCBF,убиквитинирование, HOS15 эпигенетическаярегуляцияэпигенетическая регуляцияэпигенетическаярегуляция.DOG1, ABI3/ABI5 семеннаяспячка/ABAсеменная спячка/ABAсеменнаяспячка/ABA.GA‑biosynthesis GA20ox,GA3oxGA20ox, GA3oxGA20ox,GA3ox и GA‑катаболические гены;PRC2‑комплекс H3K27me3H3K27me3H3K27me3 и ферменты, пишущие/стиpaющие H3K4me3, метилтрансферазы ДНК.
5) Как проверить гипотезы экспериментыэкспериментыэксперименты
Фенотип: измерить задержку прорастания, затем выживаемость/электролитную проводимость/ClF после заморозов у обработанных и контрольных.Гормоны: LC‑MS/MS измерения ABA, GA иметаболитови метаболитовиметаболитов в семенах при разных этапах имбибиция,передпрорастанием,посевимбибиция, перед прорастанием, посевимбибиция,передпрорастанием,посев.Транскрипция: qPCR / RNA‑seq для CBF/DREB, COR, ABI3, DOG1, GA‑ферментов в семенах и в проростках после холодовой предобработки и при последующем холоде.Эпигенетика: ChIP‑qPCR или ChIP‑seq для H3K4me3, H3K27me3 в промоторах ключевых генов; бисульфитное секвенирование для ДНК‑метилирования; малые РНК‑seq.Генетические тесты: использовать мутанты/трансгенные cbf‑траинсы,abi3,dog1,prc2‑компоненты,hos1cbf‑траинсы, abi3, dog1, prc2‑компоненты, hos1cbf‑траинсы,abi3,dog1,prc2‑компоненты,hos1 чтобы проверить необходимость отдельных путей.Химические манипуляции: 5‑azaC деметилирующийагентдеметилирующий агентдеметилирующийагент, ингибиторы гистонных модификаций, экзогенные ABA/GA, чтобы посмотреть влияние на задержку прорастания и последующую устойчивость.Временные точки: важно брать пробы на стадии имбибиции несколькочасовнесколько часовнесколькочасов, на стадии перед появлением корешка и на раннем сеянце.
6) Модель подытоживания
Низкая температура при инкубации → быстрый гормональный ответ повышениеABA/снижениеGAи/илиповышениечувствительностикABAповышение ABA/снижение GA и/или повышение чувствительности к ABAповышениеABA/снижениеGAи/илиповышениечувствительностикABA → задержка выхода из покоя → медленный метаболизм, меньше повреждений при холоде.Одновременно холод инициирует сигнальные каскады CBF/ICECBF/ICECBF/ICE и вызывает локальные эпигенетические изменения большеактивирующихметоквгенаххолодоответа,измененияДНК‑метилирования/miRNAбольше активирующих меток в генах холодоответа, изменения ДНК‑метилирования/miRNAбольшеактивирующихметоквгенаххолодоответа,измененияДНК‑метилирования/miRNA, что «подготавливает» транскрипционные сети к быстрому и сильному ответу при последующих низких температурах.В результате проросшие растения быстрее включают механизмы защиты антиоксиданты,осмопротектанты,защитныебелкиантиоксиданты, осмопротектанты, защитные белкиантиоксиданты,осмопротектанты,защитныебелки, что повышает их морозоустойчивость.
Если нужно, могу предложить конкретную панель генов для qPCR/ChIP, протоколы измерения ABA/GA в семенах или подробный план эксперимента включаяконтрольныеусловияивременныеточкивключая контрольные условия и временные точкивключаяконтрольныеусловияивременныеточки.
Коротко: предактивация семян низкой температурой может одновременно замедлить выход из покоя черезгормональнуюрегуляциюABA/GAизамедлениеметаболизмачерез гормональную регуляцию ABA/GA и замедление метаболизмачерезгормональнуюрегуляциюABA/GAизамедлениеметаболизма и «запрограммировать» генетические сети холодовой устойчивости черезэпигенетическиеизменениячерез эпигенетические изменениячерезэпигенетическиеизменения, так что уже выросшие растения быстрее/сильнее запускают холодо‑ответы и лучше переносят морозы. Ниже — возможные конкретные механизмы и способы их проверки.
1) Гормональные механизмы
Баланс ABA / GA. Низкая температура при увлажнении семян часто повышает уровень абсцизовой кислоты ABAABAABA или чувствительность к ней и/или снижает биосинтез гиббереллинов GAGAGA. Повышенный ABA и/или пониженный GA поддерживают или продлевают спящее состояние → задержка прорастания.Регуляторы покоя: ABI3/ABI5 и DOG1. Эти транскрипторы усиливаются под воздействием ABA и контролируют гены покоя; их повышенная активность удерживает семя в состоянии покоя.DELLA-протеины / GA‑сигналинг. При низком GA накапливаются DELLA, которые усиливают устойчивость к стрессам черезиндукциюантоцианов,антиоксидантов,модификациюростачерез индукцию антоцианов, антиоксидантов, модификацию ростачерезиндукциюантоцианов,антиоксидантов,модификациюроста.Подготовка к стрессу primingprimingpriming через гормоны. Холодная предобработка может повысить способность тканей позже быстро мобилизовать ABA/ET/JA/SA и ROS-сигналинг при следующем холодовом воздействии, улучшая ответные реакции например,накоплениеосмопротектантов,шаперонов,антиоксидантныхферментовнапример, накопление осмопротектантов, шаперонов, антиоксидантных ферментовнапример,накоплениеосмопротектантов,шаперонов,антиоксидантныхферментов.2) Эпигенетические механизмы
Модификации гистонов. Холод может менять уровни активирующих меток H3K4me2/3H3K4me2/3H3K4me2/3 или репрессивных H3K27me3H3K27me3H3K27me3 в промоторах генов холодового ответа CBF/DREB,CORCBF/DREB, CORCBF/DREB,COR, а также в регуляторах гормонального пути ABI3,DOG1,GA‑biosynthesisgenesABI3, DOG1, GA‑biosynthesis genesABI3,DOG1,GA‑biosynthesisgenes. Активирующие метки «помечают» гены для более быстрого запуска при последующем стрессе.ДНК‑метилирование. Изменения метилирования в промоторных/регуляторных участках могут стабильно вт.ч.частичнотранcгенерационнов т.ч. частично транcгенерационновт.ч.частичнотранcгенерационно менять уровень базальной экспрессии или индуцируемость стресс‑генов.Малые РНК miRNA/siRNAmiRNA/siRNAmiRNA/siRNA. Холод может изменить профиль miRNA напр.miR156/miR172напр. miR156/miR172напр.miR156/miR172, влияющий на фазовые переходы, рост и стрессовую устойчивость; siRNA‑посредованная РНК‑метилирование может модифицировать локальные участки хроматина.Хроматиновая перестройка и вариации гистоновых вариантов напр.H2A.Zнапр. H2A.Zнапр.H2A.Z — чувствительны к температуре и влияют на чувствительность промоторов к транскрипции.«Память» / priming. Часто наблюдается стойкая вегетативнаяилидажечастичнопередающаясяпотомствувегетативная или даже частично передающаяся потомствувегетативнаяилидажечастичнопередающаясяпотомству эпигенетическая память: после холодной предобработки гены холодового ответа быстрее/больше транскрибируются при следующем воздействии.3) Кросс‑связь эпигенетики и гормонов
Эпигенетические изменения в генах ABA/GA‑метаболизма или в регуляторах ABI/DOG1 могут одновременно объяснять отсрочку прорастания черезповышеннуюABA‑активностьчерез повышенную ABA‑активностьчерезповышеннуюABA‑активность и последующую повышенную индуцибельность холодовых генов.Примерно: холод → повышение H3K4me3 в промоторах CBF/COR → при дальнейшем похолодании быстрый рост транскрипции COR → лучшая морозоустойчивость. Параллельно холод → повышение ABA или устойчивости к ABA черезэпигенетическоеповышениеABI3через эпигенетическое повышение ABI3черезэпигенетическоеповышениеABI3 → задержка прорастания.4) Молекулярные «узловые» участники, которые часто упоминают в литературе
CBF/DREB и COR‑гены холод−ответхолод-ответхолод−ответ.ICE1, HOS1 регуляцияCBF,убиквитинированиерегуляция CBF, убиквитинированиерегуляцияCBF,убиквитинирование, HOS15 эпигенетическаярегуляцияэпигенетическая регуляцияэпигенетическаярегуляция.DOG1, ABI3/ABI5 семеннаяспячка/ABAсеменная спячка/ABAсеменнаяспячка/ABA.GA‑biosynthesis GA20ox,GA3oxGA20ox, GA3oxGA20ox,GA3ox и GA‑катаболические гены;PRC2‑комплекс H3K27me3H3K27me3H3K27me3 и ферменты, пишущие/стиpaющие H3K4me3, метилтрансферазы ДНК.5) Как проверить гипотезы экспериментыэкспериментыэксперименты
Фенотип: измерить задержку прорастания, затем выживаемость/электролитную проводимость/ClF после заморозов у обработанных и контрольных.Гормоны: LC‑MS/MS измерения ABA, GA иметаболитови метаболитовиметаболитов в семенах при разных этапах имбибиция,передпрорастанием,посевимбибиция, перед прорастанием, посевимбибиция,передпрорастанием,посев.Транскрипция: qPCR / RNA‑seq для CBF/DREB, COR, ABI3, DOG1, GA‑ферментов в семенах и в проростках после холодовой предобработки и при последующем холоде.Эпигенетика: ChIP‑qPCR или ChIP‑seq для H3K4me3, H3K27me3 в промоторах ключевых генов; бисульфитное секвенирование для ДНК‑метилирования; малые РНК‑seq.Генетические тесты: использовать мутанты/трансгенные cbf‑траинсы,abi3,dog1,prc2‑компоненты,hos1cbf‑траинсы, abi3, dog1, prc2‑компоненты, hos1cbf‑траинсы,abi3,dog1,prc2‑компоненты,hos1 чтобы проверить необходимость отдельных путей.Химические манипуляции: 5‑azaC деметилирующийагентдеметилирующий агентдеметилирующийагент, ингибиторы гистонных модификаций, экзогенные ABA/GA, чтобы посмотреть влияние на задержку прорастания и последующую устойчивость.Временные точки: важно брать пробы на стадии имбибиции несколькочасовнесколько часовнесколькочасов, на стадии перед появлением корешка и на раннем сеянце.6) Модель подытоживания
Низкая температура при инкубации → быстрый гормональный ответ повышениеABA/снижениеGAи/илиповышениечувствительностикABAповышение ABA/снижение GA и/или повышение чувствительности к ABAповышениеABA/снижениеGAи/илиповышениечувствительностикABA → задержка выхода из покоя → медленный метаболизм, меньше повреждений при холоде.Одновременно холод инициирует сигнальные каскады CBF/ICECBF/ICECBF/ICE и вызывает локальные эпигенетические изменения большеактивирующихметоквгенаххолодоответа,измененияДНК‑метилирования/miRNAбольше активирующих меток в генах холодоответа, изменения ДНК‑метилирования/miRNAбольшеактивирующихметоквгенаххолодоответа,измененияДНК‑метилирования/miRNA, что «подготавливает» транскрипционные сети к быстрому и сильному ответу при последующих низких температурах.В результате проросшие растения быстрее включают механизмы защиты антиоксиданты,осмопротектанты,защитныебелкиантиоксиданты, осмопротектанты, защитные белкиантиоксиданты,осмопротектанты,защитныебелки, что повышает их морозоустойчивость.Если нужно, могу предложить конкретную панель генов для qPCR/ChIP, протоколы измерения ABA/GA в семенах или подробный план эксперимента включаяконтрольныеусловияивременныеточкивключая контрольные условия и временные точкивключаяконтрольныеусловияивременныеточки.