Среда обитания настоящих бактерий может быть очень разнообразной и зависит от их видов. Некоторые бактерии могут существовать в кишечнике животных или человека, другие обитают в почве, воде, воздухе, плотных тканях организмов и других средах. Некоторые бактерии нуждаются в кислороде для дыхания (аэробные), другие же могут существовать без него (анаэробные). Бактерии также могут обитать в экстремальных условиях, таких как высокие температуры, кислотные или щелочные среды, высокие давления и другие экстремальные условия.