Полезные бактерии обитают в различных местах, включая кишечник, кожу, ротовую полость, почву, водные экосистемы и даже растения. Например, молочнокислые бактерии, которые являются полезными для пищеварения, могут населять кишечник человека и других животных. Другие полезные бактерии могут быть найдены в почве, где помогают разлагать органический материал и улучшают плодородие почвы.