Специфічність дії ферментів визначається їх здатністю взаємодіяти лише з певними підстратами (речовинами, на які вони впливають). Ця специфічність може бути визначена рядом факторів, таких як структура ферменту, особливості активного центру та механізму дії, розмір молекули підстрату, а також умови середовища, у якому відбувається реакція.

Наприклад, ферменти можуть бути специфічні по відношенню до підстрату (як, наприклад, ліпаза, яка розщеплює жири), по відношенню до реакції (як, наприклад, цитратсинтаза, яка лише каталізує утворення цитрату з оксалоацетату) або по відношенню до конкретного ізомеру (наприклад, лізин-специфічні амінопілілітраси).

Отже, специфічність дії ферментів визначається рядом факторів і може виявлятись у різних аспектах їх функціонування.