Сине-зеленые водоросли относятся к прокариотам, потому что они представляют собой одну из самых древних форм жизни на Земле, которые не имеют ядерной оболочки в своих клетках. Они относятся к царству бактерий и обладают характерными чертами прокариот: отсутствие мембранных органоидов, наличие кольцевой молекулы ДНК, составление их тела из одной клетки. Таким образом, сине-зеленые водоросли относятся к прокариотам из-за их структуры клеток и физиологических особенностей.