Одноклеточные эукариоты могут получать энергию, необходимую для жизнедеятельности, различными способами питания. Некоторые из них ведут автотрофный образ жизни, синтезируя свои собственные органические вещества из неорганических соединений при помощи фотосинтеза или хемосинтеза. Другие являются гетеротрофами, поглощая органические вещества из окружающей среды и разлагая их для получения энергии.

Одноклеточные эукариоты могут быть также сапрофитами, использующими органические остатки и вещества, разлагаемые другими организмами, или паразитами, питающимися органическими веществами, полученными за счет других живых организмов.