Чистый набор бактерий выглядит как прозрачная жидкость или культурная среда с микроскопическими клетками бактерий различных форм и размеров. Такие бактерии могут образовывать колонии разного вида, цвета и текстуры, в зависимости от их патогенности, метаболических свойств и других характеристик. Визуально набор бактерий может напоминать пятна или слои на поверхности среды, а также могут быть видны под микроскопом как отдельные клетки или цепочки клеток.