Инфузории, включая инфузорию туфельку, относят к царству протистов из-за их более сложной структуры и организации, нежели у бактерий. Протисты являются одноклеточными организмами, обладающими ядром и другими внутриклеточными структурами, в то время как бактерии представляют собой прокариоты - простейшие организмы без ядра и мембранных органелл. Кроме того, инфузории обладают возможностью движения при помощи жгутиков или псевдоног, что также отличает их от бактерий.