У природі існує велика кількість органічних сполук, які можуть існувати у вигляді ізомерів. До найбільш поширених природних ізомерів відносяться:

Глюкоза та фруктоза - це альдогексози, які є ізомерами один одного.Олеїнова кислота та елайдинова кислота - це ізомери відносно сірчикової засади.Бутен та цис-2-бутен - це ізомери ненафталину.Ацетон та пропанон - це ізомери органічних розчинників.

Це лише декілька прикладів природних ізомерів. У природі поширених різноманітні ізомери, які мають важливе значення у біохімії та хімії органічних сполук.