Первые одноклеточные водоросли появились примерно 3 миллиарда лет назад в результате эволюции примитивных бактерий. Эти организмы обладали способностью к фотосинтезу, что позволило им использовать энергию света для синтеза питательных веществ. Главным аргументом в пользу их эволюции является наличие аналогичных фотосинтезирующих бактерий в морских глубинах, которые существуют и в наши дни.