Увеличенные затраты на энергию: полиплоидные организмы обычно тратят больше энергии на поддержание своего метаболизма из-за увеличенного размера клеток и генома.

Сниженная плодовитость: у некоторых полиплоидных растений может наблюдаться сниженная способность к продукции цветков и семян из-за нарушения процессов мейоза.

Изменение морфологии и фенотипа: у полиплоидных организмов может происходить изменение формы, размера и цвета органов и клеток.

Сниженная толерантность к стрессам: полиплоидные растения могут быть более уязвимы к стрессам, таким как засуха, высокие или низкие температуры, из-за изменений в метаболических путях.

Сложности с гибридизацией: полиплоидные растения могут иметь сложности с кросс-поллинацией и гибридизацией с диплоидными растениями из-за несовместимости в генетическом материале.

Сниженная конкурентоспособность: в некоторых случаях полиплоидные растения могут быть менее конкурентоспособными по сравнению с диплоидными растениями из-за изменений в их физиологии и морфологии.