Мох фунария отличается от водорослей прежде всего тем, что она относится к группе бриофитов, тогда как водоросли относятся к другой группе растений - водорослям. Мохи фунарии имеют строение, более близкое к высшим растениям - они имеют листья, стебель и кореньки, в то время как водоросли не имеют их. Мохи фунарии обладают жизненным циклом, включающим два различных поколения - гаметофит и спорофит, в то время как у водорослей жизненный цикл происходит в виде одного поколения.