Бактерии-сапрофиты являются организмами, которые разлагают органические вещества (мёртвые растения и животные, остатки пищи и прочее) с целью получения энергии. Бактерии-симбионты же вступают в симбиотические отношения с другими организмами, такими как растения или животные, и взаимодействуют с ними взаимовыгодным образом.

Бактерии играют огромную роль в природе. Они участвуют в разложении органических веществ, циркуляции элементов в природе, обеспечивают почвенную плодородность, участвуют в пищеварении растений и животных, продуцируют важные вещества (например, витамины), а также выполняют другие функции. Кроме того, бактерии являются важными элементами пищевой цепи и служат источником питания для многих других организмов.