Вторичная, третичная и четвертичная структуры белка стабилизируются различными видами связей:

Вторичная структура белка (например, альфа-спираль или бета-складки) стабилизируется гидрофобными взаимодействиями между аминокислотами внутри пептидной цепи, а также водородными связями между соседними остатками.

Третичная структура белка (трехмерное пространственное расположение вторичных структур) стабилизируется гидрофобными взаимодействиями между различными участками пептидной цепи, сульфидными мостиками (дисульфидными связями) между цистеиновыми остатками, водородными связями и ионными взаимодействиями.

Четвертичная структура белка (образование комплексов из нескольких подъединиц) стабилизируется теми же видами связей, что и третичная структура, а также дополнительно взаимодействиями между различными подъединицами белка.

Кроме того, металлические и координационные связи также могут играть важную роль в стабилизации третичной и четвертичной структур белка.