Неполное сцепление генов проявляется, например, когда родительское поколение имеет гомозиготные гены (AA и aa) для двух признаков, которые находятся на разных хромосомах. При скрещивании родительских особей с гетерозиготными генами (Aa и Aa), в потомстве проявляется рекомбинация генов, что приводит к новым комбинациям признаков. Например, возможно образование гамет с генами Aa и aA вместо ожидаемых Aa и aa, что говорит о неполном сцеплении генов на различных хромосомах.