Современная точка зрения на происхождение эукариотических одноклеточных организмов связана с гипотезой эндосимбиоза. Согласно этой гипотезе, эукариотические клетки возникли путем симбиогенеза, когда прокариотические клетки поглотили другие клетки, которые стали органеллами, такими как митохондрии и хлоропласты. Эта идея подтверждается наличием сходств между органеллами и бактериями, а также генетическими и молекулярными доказательствами. Таким образом, эукариотические клетки могут рассматриваться как коммунальная совокупность различных организмов, объединенных в общем жизненном сообществе.