У млекопитающих имеется одна пара легких, в отличие от пресмыкающихся, где их количество может быть различным (от нуля у змей до нескольких пар у некоторых ящериц).

У млекопитающих сердце имеет четыре полости: два предсердия и две желудочка, что обеспечивает отделение кислородного и углекислого кровоснабжения. У пресмыкающихся сердце обычно имеет три полости.

У млекопитающих имеется мутная печень, участвующая в процессе переработки пищи и выработке энергии. У пресмыкающихся печень может быть более простой по строению.

У млекопитающих имеется хорошо развитая система пищеварения с составными органами, такими как желудок, кишечник, печень и поджелудочная железа. У пресмыкающихся пищеварительная система может быть менее сложной и разветвленной.

У млекопитающих имеется развитая эндокринная система, включающая гормональные железы, такие как гипофиз, щитовидная железа, надпочечники и другие. У пресмыкающихся эндокринная система может быть менее сложной.

У млекопитающих имеется развитая нервная система с большим мозгом, способным к сложным мыслительным процессам и поведенческим реакциям. У пресмыкающихся мозг может быть менее развитым и примитивным.