Палеонтологические доказательства эволюции животных основаны на изучении и анализе ископаемых останков животных, которые датируются определенным периодом времени. Палеонтологи анализируют изменения в структуре и форме останков животных, а также их распределение по времени и географии для определения эволюционных изменений.

Сравнительно-анатомические доказательства эволюции животных базируются на изучении анатомических структур и органов у современных животных и их сравнении с аналогичными структурами у других видов. Сравнительно-анатомический подход позволяет установить гомологии и аналогии между органными системами и органами различных видов и выявить закономерности в эволюционном развитии животных.

Таким образом, основное различие между палеонтологическими и сравнительно-анатомическими доказательствами эволюции животных заключается в том, что первые основаны на изучении ископаемых останков, а вторые – на анатомическом сравнении современных видов.