Естественная классификация основана на естественных признаках и характеристиках организмов, а искусственная классификация основана на произвольных признаках, выбранных для удобства классификации. Естественная классификация стремится отразить естественные родственные связи между организмами, тогда как искусственная классификация может основываться на любых признаках, не обязательно отражающих реальные отношения между организмами. Естественная классификация менее подвержена изменениям и обычно имеет более высокую информативность и применимость в научных исследованиях.