Одним из способов проявления неполного сцепления генов в экспериментах является наблюдение за расщеплением признаков, которые связаны с этими генами. Например, если у растений происходит скрещивание между двумя растениями с разными признаками, связанными с локусами на разных хромосомах, и в результате получаются потомки с комбинацией признаков, которая не соответствует ожидаемым соотношениям из-за перераспределения признаков при перекомбинации, то это может быть признаком неполного сцепления генов. Также, эксперименты по кроссинговерам и картографии геномов могут показать необычные сочетания аллелей на хромосомах, что также указывает на наличие неполного сцепления генов.