1) Видовой состав: в биогеоценозе видовой состав является естественным и сложно регулируемым самоорганизующимся процессом, в то время как в агроценозе видовой состав поддерживается человеком и может быть изменен в зависимости от посевных культур или животноводства.

2) Пищевые цепи: в биогеоценозе пищевые цепи обычно более сложны и разнообразны, чем в агроценозе, где человек часто вмешивается в пищевые цепи, контролируя пищевую цепь для повышения урожайности или производительности животноводства.

3) Характер круговорота веществ: в биогеоценозе круговорот веществ обычно естественно и саморегулирующийся, в то время как в агроценозе может происходить нарушение естественных циклов из-за использования удобрений, пестицидов и других химических веществ.

4) Устойчивость во времени: биогеоценозы обычно обладают более высокой степенью устойчивости во времени, так как адаптированы к конкретным природным условиям, в то время как агроценозы могут быть более уязвимыми к изменениям, так как они зависят от человеческого вмешательства.