Фраза "Who ate the apple?" записывается без использования частицы "did", потому что это вопросительное предложение в простом прошедшем времени.

В английском языке вопросительные предложения в прошедшем времени образуются путем инверсии с глаголом "to be" или модальным глаголом (например, "did" или "were") без использования вспомогательного глагола "did".

Примеры:

Did you go to the store yesterday? (Ты ходил в магазин вчера?)Were they at the party last night? (Они были на вечеринке вчера вечером?)Who ate the apple? (Кто съел яблоко?)

Таким образом, частица "did" используется в отрицательных формах и вопросах в прошедшем времени, но не всегда.