Фраза "are you kidding me" обычно используется в ситуациях, когда человек чувствует себя оскорбленным или сильно удивленным, поэтому переводится как "ты издеваешься надо мной?".

А фраза "are you kidding" используется просто для выяснения, шутка ли это, поэтому переводится как "ты шутишь?".

Разница в переводах обусловлена контекстом, в котором используются данные фразы, и эмоциональным оттенком, который они несут.