Разница между этими двумя фразами заключается во временной форме и способе задания вопроса.

Фраза "What do you do?" обычно относится к профессии или регулярной деятельности человека. Она используется для спроса о том, чем конкретный человек занимается в общем смысле.

Фраза "What are you doing?" относится к текущим действиям человека в момент разговора. Она используется для того, чтобы узнать, что человек делает в данный момент времени.