Вы правы, выражение "miss me" действительно имеет два значения. Одно из них - это просьба о том, чтобы кто-то скучал по вам или чувствовал ваше отсутствие. Другое - это саркастическое выражение, которое используется, когда кто-то стреляет или метает предмет в вас, но промахивается, и вы говорите "miss me", чтобы показать, что они не могут вас достать или повредить вам.

Как определить, что именно хотел сказать собеседник? В данном контексте это может зависеть от тона и контекста разговора. Если общение происходит в дружеской обстановке или в шутливой манере, то скорее всего это будет использование фразы в саркастическом смысле. Если же общение происходит в серьезной обстановке или если контекст явно указывает на нежные чувства, то вероятнее всего собеседник говорит о том, что скучает по вам.

В любом случае, если вы не уверены в том, что имел в виду собеседник, лучше задать уточняющий вопрос или попросить его пояснить свою мысль.