Сформулируйте и сравните конкурирующие гипотезы происхождения метаболических сетей в ранних формах жизни (например, «мир РНК» vs геохимическая автокаталитическая модель), укажите ключевые прогнозы каждой гипотезы и экспериментальные или палеонтологические свидетельства, которые могли бы служить решающим критерием выбора между ними

8 Окт в 11:45
3 +2
0
Ответы
1

Ниже — краткая формулировка и сравнительный разбор двух широко обсуждаемых подходов к происхождению метаболических сетей в ранней жизни иблизкихконкурирующихмоделейи близких конкурирующих моделейиблизкихконкурирующихмоделей, с указанием конкретных прогнозов каждой гипотезы и типов доказательств/экспериментов, которые могли бы служить решающим критерием выбора между ними.

Краткие формулировки гипотез

RNA‑мир генетико−каталитическаягипотезагенетико-каталитическая гипотезагенетикокаталитическаягипотеза Основная идея: каталитическая РНК рибозимырибозимырибозимы предшествовала белкам и сложным ферментам; рибозимы выполняли и каталитические, и репликативные функции, создавая и поддерживая простые метаболические сети. Метаболизм вначале был управляем «молекулярной» РНК/мелкиекатализаторыРНК/мелкие катализаторыРНК/мелкиекатализаторы активностью, затем был вытеснен/улучшен белками.Геохимическая автокаталитическая метаболизм‑первее‑чем‑геномы;«surfacemetabolism»,Wa¨chtersha¨user,«iron‑sulfurworld»метаболизм‑первее‑чем‑геномы; «surface metabolism», Wächtershäuser, «iron‑sulfur world»метаболизмпервеечемгеномы;«surfacemetabolism»,Wa¨chtersha¨user,«ironsulfurworld» Основная идея: ключевые химические циклы фиксацияуглерода,переносэлектронафиксация углерода, перенос электронафиксацияуглерода,переносэлектрона возникли как неферментативные автокаталитические реакции на минеральных поверхностях FeS,NiS,другиеметаллыFeS, NiS, другие металлыFeS,NiS,другиеметаллы в геохимических условиях гидротермальныепояса,термальныебассейныгидротермальные пояса, термальные бассейныгидротермальныепояса,термальныебассейны. Позже эти сети «былые» легли в основу биохимии, а генетические системы появились для их стабилизации и передачи.Промежуточные/альтернативные модели краткократкократко Метаболизм + РНК коэволюция: частично автокаталитические реакции создают мономеры и энергию, рибозимы развиваются в этих средах.Липидный/проклеточный мир: первыми были оболочки протоцеллыпротоцеллыпротоцеллы, которые концентрировали химии, упрощая эволюцию сетей.Сеть‑первая autocatalyticsets,StuartKauffmanautocatalytic sets, Stuart Kauffmanautocatalyticsets,StuartKauffman: самоподдерживающиеся наборы молекул с автокаталитическими преобразованиями без единого «генетического» репликатора.

Ключевые отличия в механизме и в требованиях

Источник катализа:
RNA‑мир: каталитическая активность внутри самих биомолекул РНКРНКРНК.Геохимическая: каталитические свойства минералов и металлоксидов; органические катализаторы появляются позже.Энергетика/энергоприём:
RNA‑мир: требуется внешняя энергия температурныециклы,химическаяактивациятемпературные циклы, химическая активациятемпературныециклы,химическаяактивация и пути синтеза нуклеотидов в достаточных концентрациях.Геохимическая: естественные градиенты H2/CO2,протонныеградиентыучерныхкурильщиковH2/CO2, протонные градиенты у черных курильщиковH2/CO2,протонныеградиентыучерныхкурильщиков сразу дают доступную свободную энергию и катализ.Предшествующие соединения:
RNA‑мир требует реализации доступного пути к нуклеотидам рибоза,азотистыеоснования,фосфатрибоза, азотистые основания, фосфатрибоза,азотистыеоснования,фосфат.Геохимическая модель требует наличия минералов и газовой смеси H2,CO2,H2Sит.п.H2, CO2, H2S и т. п.H2,CO2,H2Sит.п. и условий для редукции/карбоксилирования.

Ключевые предсказания каждой гипотезы

RNA‑мир — предсказания
Возможность ненаправленной илисминимальнымнабором«прекурсоров»или с минимальным набором «прекурсоров»илисминимальнымнабором«прекурсоров» синтеза нуклеотидов в реалистичных докембрийских условиях с достаточной выходностью.Существование рибозимов, способных катализировать не только репликацию и формирование пептидной связи, но и ключевые метаболические трансформации напр.,фосфорилирование,конденсации,некоторыетрансферныереакциинапр., фосфорилирование, конденсации, некоторые трансферные реакциинапр.,фосфорилирование,конденсации,некоторыетрансферныереакции при докембрийских условиях.Следы «молекулярных артефактов» RNA‑функций в современных организмах: широко распространённые рибозимные остатки в важнейших машинах например,рибосомакакрибозимнапример, рибосома как рибозимнапример,рибосомакакрибозим и потенциальные рибозимные зачатки в универсальных путях.Эволюционная траектория: сначала репликаторы РНКРНКРНК, затем кодирующие белки, затем сложные метаболические сети.Геохимическая автокаталитическая модель — предсказания
Центральные метаболические пути илииххимическаялогикаили их химическая логикаилииххимическаялогика должны быть реконструируемы как каталитически возможные на минералах при условиях ранней Земли напр.,восстановительнаякарбоксилированиеCO2→C1–C3соединения,reverseTCA‑подобныешаги,ацетил‑CoA‑подобныереакциинапр., восстановительная карбоксилирование CO2 → C1–C3 соединения, reverse TCA‑подобные шаги, ацетил‑CoA‑подобные реакциинапр.,восстановительнаякарбоксилированиеCO2C1–C3соединения,reverseTCAподобныешаги,ацетилCoAподобныереакции без белковых ферментов.Универсальность и древность автотрофных путей: LUCA был, скорее всего, хемоавтотрофом, использовавшим H2/CO2 и металлы; многие центральные ферменты содержат железо‑серные кластеры и металлоферменты, что коррелирует с минералогическим происхождением.Геологические следы: ранние осадочные и метаморфические породы должны содержать химические и минералогические отпечатки автокаталитической активности FeS‑ассоциации,органоминеральныекомплексы,специфическиеизотопныефракционированияFeS‑ассоциации, органоминеральные комплексы, специфические изотопные фракционированияFeSассоциации,органоминеральныекомплексы,специфическиеизотопныефракционирования.Энергетическая совместимость: природные протонные/электрохимические градиенты курильникикурильникикурильники достаточно для запуска и поддержания сетей, которые позднее биологизировались.

Какие данные/эксперименты могли бы служить решающими критериивыборакритерии выборакритериивыбора Ниже — набор конкретных типов свидетельств и экспериментов, которые бы значительно усилили поддержку одной из гипотез или сделали другую очень маловероятной.

1) Экспериментальная демонстрация жизнеспособности влабораториив лабораториивлаборатории при реалистичных условиях

Для RNA‑мира «решающий» эксперимент:
Демонстрация ненаправленного/реалистичного пути синтеза рибозы и всех четырёх нуклеотидов илиполностьюфункциональныханалоговили полностью функциональных аналоговилиполностьюфункциональныханалогов в условиях, которые можно связать с доступной ранней Землёй солёность,pH,температура,доступностьфосфатасолёность, pH, температура, доступность фосфатасолёность,pH,температура,доступностьфосфата и получение длинных цепей РНК репликомероврепликомероврепликомеров с каталитической активностью, способной поддерживать и развивать метаболическую сеть например,рибозим‑катализысинтезаключевыхметаболитовнапример, рибозим‑катализы синтеза ключевых метаболитовнапример,рибозимкатализысинтезаключевыхметаболитов без белков.Или эволюция «метаболически значимых» рибозимов от случайных библиотек напр.,рибозимы,катализирующиеCO2‑фиксациюилиэнергообеспечениетрансацийприраннихусловияхнапр., рибозимы, катализирующие CO2‑фиксацию или энергообеспечение трансаций при ранних условияхнапр.,рибозимы,катализирующиеCO2‑фиксациюилиэнергообеспечениетрансацийприраннихусловиях в условиях, имитирующих раннюю Землю.Для геохимической модели «решающий» эксперимент:
Стабильная, самоподдерживающая автокаталитическая сеть легко воспроизводимая на минеральных поверхностях FeS,NiSит.п.FeS, NiS и т. п.FeS,NiSит.п., которая при подаче простых исходных газов H2,CO2,H2SH2, CO2, H2SH2,CO2,H2S и минералов производит набор современных центральных метаболитов C1–C6C1–C6C1–C6, демонстрирует самоусиление автокатализавтокатализавтокатализ и устойчивую энергетическую эксплуатацию возможностьсвязиссинтезоммакромолекулвозможность связи с синтезом макромолекулвозможностьсвязиссинтезоммакромолекул.Дальше — показать, что такие сети подвержены видоизменению/адаптации простаяформаотборапростая форма отборапростаяформаотбора и могут передаваться в пространстве/внутри протоклеточных структур.Критерий: если одну из моделей можно показать в реалистичных условиях с образованием устойчивой, эволюционирующей системы, это крайне сильный аргумент в её пользу.

2) Палеонтологические и геохимические свидетельства

Положительные признаки в пользу геохимической модели:
Ранняя изотопная химия C,S,FeC, S, FeC,S,Fe и минералогические ассоциации, однозначно указывающие на автотрофный метаболизм напр.,фракционированиеδ13CсовместимоесCO2‑фиксациейчерезспецифическиенеферментативныепутинапр., фракционирование δ13C совместимое с CO2‑фиксацией через специфические неферментативные путинапр.,фракционированиеδ13CсовместимоесCO2‑фиксациейчерезспецифическиенеферментативныепути в породах >3.5–3.8 Ga.Консервация минералов и микроструктур, указывающих на взаимодействие органики с FeS/ненасыщенными металлами в первичных осадках микрофоссилии/биоминералы,гдеорганикатесносвязанасFe‑Sминераламимикрофоссилии/биоминералы, где органика тесно связана с Fe‑S минераламимикрофоссилии/биоминералы,гдеорганикатесносвязанасFeSминералами.Универсальные признаки древних биохимических систем распространённостьжелезо‑серныхкофактороввгипотетическиреконструированныхбелкахLUCAраспространённость железо‑серных кофакторов в гипотетически реконструированных белках LUCAраспространённостьжелезосерныхкофактороввгипотетическиреконструированныхбелкахLUCA.Положительные признаки в пользу RNA‑мира:
Обнаружение очень ранних биомолекулярных «тонких» следов, специфичных для полимеров нуклеиновых кислот маловероятно,ноеслиобнаружатсяустойчивыеостаткинуклеотидовилиихуникальныепродуктывдокембрийскихосадках—этосильнаяподдержкамаловероятно, но если обнаружатся устойчивые остатки нуклеотидов или их уникальные продукты в докембрийских осадках — это сильная поддержкамаловероятно,ноеслиобнаружатсяустойчивыеостаткинуклеотидовилиихуникальныепродуктывдокембрийскихосадкахэтосильнаяподдержка.Распознаваемые остатки каталитической РНК в современных универсальных механизмах, по форме и происхождению однозначно указывающие на более раннюю функциональную роль помиморибосомы—другиерибозимныеследыпомимо рибосомы — другие рибозимные следыпомиморибосомыдругиерибозимныеследы.Биосигнатуры, указывающие на то, что ранние организмы были гетеротрофными и опирались на приобретённые органические молекулы этолучшесогласуетсяснекоторымивариантамиРНК‑мира/сети‑первееэто лучше согласуется с некоторыми вариантами РНК‑мира/сети‑первееэтолучшесогласуетсяснекоторымивариантамиРНКмира/сетипервее.

3) Филогенетические и сравнительно‑биохимические признаки молекулярнаяпалеонтологиямолекулярная палеонтологиямолекулярнаяпалеонтология

Что ждать от древнего генома LUCA:
Если реконструкция LUCA показывает присутствие множества ферментов с железо‑серными кластерами и путей автотрофной фиксации ацетил‑CoAпуть,reverseTCAчастичноацетил‑CoA путь, reverse TCA частичноацетилCoAпуть,reverseTCAчастично, это сильный аргумент в пользу геохимической модели.Если же в «ядре» LUCA преобладают рибозимные решения или широкие семейства белков, которые можно логично реконструировать как позднее появившиеся надстройки над рибозимной каталитикой, это поддержит RNA‑мир.Практический критерий: согласованность древних метаболических путей с неферментативной химией еслицентральныереакциибиохимии—прямоеотражениенеферментативныхгеохимическихреакций,этоподкрепляетгеохимиюесли центральные реакции биохимии — прямое отражение неферментативных геохимических реакций, это подкрепляет геохимиюеслицентральныереакциибиохимиипрямоеотражениенеферментативныхгеохимическихреакций,этоподкрепляетгеохимию.

4) Демонстрация способности автокаталитических сетей быть носителями наследственности сетевой«генотип»сетевой «генотип»сетевой«генотип»

Решающее для «сети‑первее» модели будет показать, что сложные автокаталитические системы могут сохранять и передавать конфигурации реакций функциональный«фенотип»/«генотип»функциональный «фенотип»/«генотип»функциональный«фенотип»/«генотип» и подвергаться отбору и ковариации т.е.способныкпостепеннойадаптациит. е. способны к постепенной адаптациит.е.способныкпостепеннойадаптации, без помощи линейного полимерного репликатора. Если подобная эволюция в лаборатории не реализуема, это ослабляет идею о том, что сети могли развиваться до живых систем без репликаторов.

Практические и теоретические трудности

В глубокой истории Земли многое стерто: деградация органики, метаморфоз, контаминация. Поэтому прямых «решающих» палеонтологических доказательств ждать сложно.Много экспериментальных поддержек уже существует для обеих сторон: Sutherland и соавт. показали правдоподобные предбиотические пути синтеза нуклеотидных предшественников; Wächtershäuser и др. показали каталитические превращения на FeS/черных курильщиках; рибосома — рибозим поддерживает идею о ключевой ранней роли РНК. Но ни одна модель пока не воспроизвела полностью все уровни: синтез макромолекул, энергетика, самосохранение и эволюция в одном эксперименте.Возможность комбинации: наиболее правдоподобно, что элементы обеих гипотез сыграли роль. Например, геохимия могла производить мономеры и поддерживать энергетические градиенты, а РНК/простые полимеры обеспечивали специфичность и репликацию, и вместе они сошлись в «протоживое» состояние.

Конкретные предложения для решающих тестов краткократкократко

Долгосрочные эксперименты «гидротермальной печи» — моделирование ранних черных курильщиков с постоянной подачей H2/CO2 и минералов: попытаться получить устойчивую автокаталитическую сеть, дающую центральные метаболиты и способную расти/размножаться/модифицироваться.Эволюционный SELEX для рибозимов при реалистичных предбиотических условиях: отбора рибозимов, катализирующих ключевые реакции фиксации C, фосфорилирования и т. п., и оценка, достижимы ли такие активности и с какими ограничениями.Расширение синтеза нуклеотидов в «реалистичных» условиях солёность,примеси,фосфатныепроблемысолёность, примеси, фосфатные проблемысолёность,примеси,фосфатныепроблемы — если можно показать надёжный путь к нуклеотидам в естественных условиях, это усиливает RNA‑мир.Молекулярная реконструкция LUCA с учётом устойчивости к горизонтальным переносам: уточнить, какие пути статистически древние и минимально интерпретируемые как автотрофные.Целевые геохимические поиски в древних породах Isua,Nuvvuagittuqидр.Isua, Nuvvuagittuq и др.Isua,Nuvvuagittuqидр. на предмет специфичных изотопных и минералогических «подписей» автокаталитических процессов.

Краткий вывод

Нет единственного «идеального» доказательства, но есть набор критериев. Поддержку RNA‑мира усилит демонстрация практической возможности воспроизводимого синтеза длинных каталитических РНК и рибозимов, которые могут выполнять ключевые метаболические функции. Поддержку геохимической автокаталитической модели усилит воспроизводимость самоподдерживающихся, эволюционирующих автокаталитических сетей на минералах и совпадение древних биохимических путей с неферментативной химией ранней Земли.Наиболее вероятно, что истина — гибрид: геохимия создала фон энергия,мономеры,катализэнергия, мономеры, катализэнергия,мономеры,катализ, а молекулярные репликаторы РНКи/илипептидыРНК и/или пептидыРНКи/илипептиды и протоклетки встраивали и развивали эти сети в то, что мы теперь называем метаболизмом.

Если хотите, могу:

подробнее расписать конкретные лабораторные протоколы и условия для ключевых экспериментов SELEXдляCO2‑фиксациирибозимов;моделированиегидротермальныхусловийSELEX для CO2‑фиксации рибозимов; моделирование гидротермальных условийSELEXдляCO2‑фиксациирибозимов;моделированиегидротермальныхусловий;собрать список наиболее информативных геологических образцов/локализаций и существующих изотопных данных;построить таблицу предсказаний и наблюдаемых данных для быстрого сравнения.
8 Окт в 15:18
Не можешь разобраться в этой теме?
Обратись за помощью к экспертам
Гарантированные бесплатные доработки в течение 1 года
Быстрое выполнение от 2 часов
Проверка работы на плагиат
Поможем написать учебную работу
Прямой эфир