Мавританія: Томбукту розташоване у північній частині Малі, на кордоні з Мавританією.

Рійон Томбукту: саме місто Томбукту є адміністративним центром однойменного регіону в Малі.

Ріка Ніжер: Томбукту розміщене на заході великої ріки Нігер, яка протікає через Західну Африку.

Сахарська пустеля: Томбукту розташоване в південно-західній частині Сахарської пустелі, що впливає на його клімат і ландшафт.