В канско-ачинском бассейне, как и во всех других водных системах, существует несколько проблем, включая:

Загрязнение воды. Вода в бассейне может содержать высокие уровни загрязнений, таких как химические вещества, пестициды, тяжелые металлы и бактерии, что может негативно сказываться на здоровье людей и экосистеме.

Недостаток водных ресурсов. Использование воды для промышленности, сельского хозяйства и бытовых нужд может привести к недостатку воды в бассейне, особенно в периоды засухи.

Утечка нефти и нефтепродуктов. В регионе находятся нефтедобывающие предприятия, что может привести к загрязнению воды нефтью и нефтепродуктами.

Нарушение баланса экологической системы. Вмешательство человека в природные процессы, такие как строительство гидроэлектростанций, может привести к нарушению баланса водных экосистем и угрожать биоразнообразию.

Изменение климата. Глобальное изменение климата может привести к увеличению температуры воды в бассейне, изменению осадков и уровня воды, что может сказаться на экосистеме и водных ресурсах.