Озеро Большой Еланчик сформировалось в результате образования карстовой воронки или котловины. Карстовые воронки образуются в результате растворения карбонатных пород, таких как известняк или доломит, под воздействием воды. В данном случае, вероятно, вода действовала на породы в районе озера, образуя котловину.