Межпластовые подземные воды обычно находятся на глубине, защищенной от поверхностных загрязнений и механического воздействия. Это позволяет им сохранять свою чистоту и качество, так как они не подвержены загрязнениям и смешиваются с более чистыми слоями грунта. Также межпластовые воды часто фильтруются через пористые и глинистые слои, что еще более очищает их от примесей и загрязнителей. В отличие от этого, грунтовые воды часто подвержены загрязнениям от промышленных и сельскохозяйственных деятельностей, а также от бытовых сточных вод, которые могут проникать в них через верхние слои грунта.