В заповеднике и национальном парке Комодо под защитой находится самый известный обитатель - дракон Комодо, крупнейшая ящерица на Земле. Также в парке обитают многие другие виды диких животных, включая буйвола, оленя, макак, а также множество видов птиц, рептилий, насекомых и растений. В парке также защищены коралловые рифы и морская флора и фауна.