На Саур Тарбагате возникли следующие экологические проблемы в результате хозяйственной деятельности людей:

Загрязнение водных ресурсов. Выпуск промышленных стоков и сброс бытовых отходов привел к загрязнению рек и озер на территории заповедника.Отсутствие контроля над вырубкой лесов. Незаконная вырубка деревьев для древесины и заготовки дров привела к уменьшению лесных массивов и разрушению экосистем.Браконьерство и незаконная охота. Охота на животных, включая угрожаемые виды, и незаконная рыбалка способствуют сокращению популяции диких животных.Изменение климата. Выбросы парниковых газов, а также обезлесивание территории, влияют на климат и могут вызвать изменения в экосистеме.Негативное воздействие туризма. Рост туризма может привести к загрязнению природы мусором, нарушению спокойствия диких животных и деградации природных экосистем.
Эти проблемы требуют принятия мер для сохранения природы и биоразнообразия на территории Саур Тарбагатае.