Дунай считается одной из самых загрязненных рек в Европе из-за длительного загрязнения от бытовых и промышленных сточных вод, а также от сельского хозяйства. Также значительной проблемой является выбросы от заводов и предприятий, находящихся вдоль реки.

Странам, через территорию которых протекает река Дунай, "повезло" меньше всего в плане экологической обстановки, это прежде всего:

Украина - множество промышленных предприятий и несанкционированных сбросов в водоем.Словакия - проблемы с отходами от промышленных предприятий и неэффективными системами очистки сточных вод.Венгрия - загрязнение от сельского хозяйства и проблемы с обработкой отходов.Сербия - загрязнение от промышленных стоков и недостаточное внимание к экологическим проблемам.Румыния - проблемы с неферозиийными отходами и недостаточно эффективные механизмы очистки стоков.