Атом бериллия состоит из ядра, в котором содержатся 4 протона и обычно 5 или 4 нейтрона (в зависимости от изотопа), окруженного облаком электронов. В электронной оболочке бериллия обычно находятся 4 электрона, распределенных по двум электронным оболочкам: два внутренних электрона на первом энергетическом уровне и два внешних на втором энергетическом уровне.