Структурная изомерия происходит при изменении порядка связей или расположения атомов в молекуле, что приводит к образованию изомеров с различной химической структурой. Примерами структурной изомерии являются цепные, функциональные и местные изомеры.

Пространственная изомерия происходит при изменении трехмерной конфигурации молекулы, когда атомы остаются связанными в одном и том же порядке, но занимают различные пространственные положения относительно друг друга. Примерами пространственной изомерии являются зеркальные и стереоизомеры.