Молекула представляет собой минимальную частицу вещества, обладающую его химическими свойствами. Вещество, в свою очередь, представляет собой любое вещество или смесь веществ, которые можно выделить и изучать в химических реакциях.

В уравнениях химических реакций взаимодействуют вещества, а не молекулы. Например, в уравнении реакции сгорания метана:

CH4 + 2O2 -> CO2 + 2H2O

Участвуют вещества: метан (CH4) и кислород (O2), образующие углекислый газ (CO2) и воду (H2O).