В биохимическом процессе ферментации молочная кислота образуется с разной скоростью при изменении pH и температуры: как вы построите кинетическую модель этого процесса и какие экспериментальные данные потребуются для её верификации
Коротко: для описания скорости образования молочной кислоты при изменении pH и температуры обычно строят динамическую кинетическую модель, связывающую рост клеток, потребление субстрата и выработку продукта, где температурная и pH‑зависимости входят в выражения для удельных скоростей. Ниже — практическая схема такой модели, типичные уравнения, какие параметры нужно оценивать и какие экспериментальные данные собрать для верификации/калибровки.
1) Структура модели массовыебалансымассовые балансымассовыебалансы
Биомасса X г/Lг/Lг/L: dX/dt = μS,T,pHS,T,pHS,T,pH·X − k_d·X
Субстрат S г/Lг/Lг/L, напр. глюкоза: dS/dt = −1/YXS1/Y_XS1/YXS·μS,T,pHS,T,pHS,T,pH·X − m_S·X YXS—выходбиомассыпосубстрату,mS—коэффициентобслуживанияY_XS — выход биомассы по субстрату, m_S — коэффициент обслуживанияYXS—выходбиомассыпосубстрату,mS—коэффициентобслуживания
Продукт P молочнаякислота,г/Lмолочная кислота, г/Lмолочнаякислота,г/L: можно использовать Luedeking–Piret: dP/dt = α·dX/dt + β·X α—рост‑ассоциированнаячасть,β—не‑ростоваяα — рост‑ассоциированная часть, β — не‑ростоваяα—рост‑ассоциированнаячасть,β—не‑ростовая
либо r_P = q_PS,T,pHS,T,pHS,T,pH·X удельнаяскоростьсинтезаудельная скорость синтезаудельнаяскоростьсинтеза
ОпциональноОпциональноОпционально масса ионизованной/недионизованной кислоты и pH: учитывать кислотно‑основное равновесие pKa≈3.86pKa ≈ 3.86pKa≈3.86 и емкость буфера: P_tot = Lac−Lac−Lac− + HLacHLacHLac; pH связан через Henderson–Hasselbalch, pH = pKa + log[Lac−]/[HLac][Lac−]/[HLac][Lac−]/[HLac]
при наличиe буферов и титрующих добавок нужен баланс зарядов / массовый баланс гидрогенионов.
2) Формы алгебраических скоростей
Зависимость роста от субстрата: Monod μ_S = μ_maxTTT · S/Ks+SK_s + SKs+S
Влияние pH и температуры — мультипликативный подход: μS,T,pHS,T,pHS,T,pH = μ_maxTTT · S/Ks+SK_s + SKs+S · f_pHpHpHpH · f_PIPPP
где f_pHpHpHpH — функция 0..10..10..1 описывающая влияние pH колоколоподобнаяколоколоподобнаяколоколоподобная, f_PIPPP — ингибирование продуктом.
pH: f_pHpHpHpH = exp−((pH−pHopt)2)/(2σpH2)−((pH − pH_opt)^2)/(2σ_pH^2)−((pH−pHopt)2)/(2σpH2)гауссовприближ.гауссов приближ.гауссовприближ.
либо кардинальная модель с pH_min/pH_opt/pH_max empiricalempiricalempirical
Ингибирование продуктом: f_PIPPP = 1/1+P/Ki1 + P/K_i1+P/Ki или exp−kP⋅P−k_P·P−kP⋅Pвыбиратьподаннымвыбирать по даннымвыбиратьподанным
μ_maxTTTиеёпараметры:EaилиbиTminи её параметры: Ea или b и T_minиеёпараметры:EaилиbиTminK_s МонораМонораМонораK_i ингибированиепродуктомингибирование продуктомингибированиепродуктом и/или параметры f_PIpH_opt, σ_pH илиpHmin/pHmaxили pH_min/pH_maxилиpHmin/pHmaxY_X/S, Y_P/S илиαиβвLuedeking–Piretили α и β в Luedeking–PiretилиαиβвLuedeking–Piretm_S обслуживаниеобслуживаниеобслуживание, k_d смертностьсмертностьсмертностьПараметры кислотно‑основной модели pKa,емкостьбуфера,константыбуферовpKa, емкость буфера, константы буферовpKa,емкостьбуфера,константыбуферов — если модель включает pH‑динамику
4) Какие экспериментальные данные нужны рекомендациирекомендациирекомендации
Серии опытов с временными рядами batchилиfed‑batch;длянекоторыхпараметров—chemostatbatch или fed‑batch; для некоторых параметров — chemostatbatchилиfed‑batch;длянекоторыхпараметров—chemostat: Для каждого опыта в каждый момент времени частаядискретизациявфазахбыстрогоростачастая дискретизация в фазах быстрого ростачастаядискретизациявфазахбыстрогороста:
Биомасса X g/Lg/Lg/L — сушка/конверсия OD→г/лСубстрат S глюкозаглюкозаглюкозаг/Lг/Lг/L — HPLC/энзиматический тестМолочная кислота P г/Lг/Lг/L — HPLC/ионическая хроматографияpH мгновенныеизмерениямгновенные измерениямгновенныеизмеренияТемпература контролируемаяконтролируемаяконтролируемаяПри необходимости: доля недиссоциированной кислоты титрованиетитрованиетитрование, клеточная жизнеспособность, растворённый O2 еслиприсутствуетO2если присутствует O2еслиприсутствуетO2
Дизайн экспериментов для оценки зависимостей:
Для температурной зависимости: серию опытов при разных постоянных T например5–7точекврабочеминтерваленапример 5–7 точек в рабочем интерваленапример5–7точекврабочеминтервале, при том же начальном S и контролируемом pH илификсированномбуфереили фиксированном буфереилификсированномбуфере, чтобы оценить μ_maxTTT.Для pH‑зависимости: серии при фиксированных T и фиксированном S, но при разных фиксированных pH pH‑statpH‑statpH‑stat → получить μpHpHpH и q_PpHpHpH.Для определения K_s и μ_max: нерегулируемые batch и/или chemostat сериянепрерывныхрежимовприразныхμдляопределенияMonod‑параметровсерия непрерывных режимов при разных μ для определения Monod‑параметровсериянепрерывныхрежимовприразныхμдляопределенияMonod‑параметров.Для определения α и β: из временных рядов Pttt и Xttt построить регрессию Luedeking–Piret графикdP/dtvsdX/dtиXграфик dP/dt vs dX/dt и XграфикdP/dtvsdX/dtиX.Для оценки ингибирования продуктом: серия опытов с заранее добавленным начальным P спайкспайкспайк или накапливающийся P, чтобы посмотреть влияние на μ и q_P.Для pH‑динамики/буфера: измерять общий лактат PtotP_totPtot и pH, проводить титрацию или определять буферную ёмкость; при моделировании pH потребуется информация о присутствующих буферах и их концентрациях.
Повторности и покрытие:
Дубли/трипликаты для оценки разброса.Факториальный эксперимент pH×TpH × TpH×T или план центрального композиционного дизайна для оценки взаимодействий pH и T при ограниченном числе опытов.
5) Процесс идентификации и верификации
Предобработка: сглаживание/оценка dX/dt, dP/dt илииспользоватьпараметризациючерезODEиинтегрироватьприфиттингеили использовать параметризацию через ODE и интегрировать при фиттингеилииспользоватьпараметризациючерезODEиинтегрироватьприфиттинге.Оценка параметров: нелинейная регрессия / оптимизация LSQLSQLSQ по интегрированным ODE например,Levenberg–Marquardt,глобальнаяоптимизацияпримульти‑модальномнапример, Levenberg–Marquardt, глобальная оптимизация при мульти‑модальномнапример,Levenberg–Marquardt,глобальнаяоптимизацияпримульти‑модальном.Оценка погрешностей и идентифицируемости: профили правдоподобия, бутстрэп, локальная/глобальная чувствительность.Валидация: предсказать поведение при новых неиспользованныхприкалибровкене использованных при калибровкенеиспользованныхприкалибровке комбинациях pH и T и сравнить с экспериментами.Метрики качества: RMSE, R^2, распределение остатков, визуальный контроль времени‑серий.
6) Практические замечания и возможные усложнения
pH динамически меняется в процессе: простой подход — управлять pH pH‑statpH‑statpH‑stat в отдельных сериях, чтобы отделить влияние pH от накопления продукта; для прогностической модели нужно учитывать кислотно‑основное равновесие и буферность среды.Вид микроорганизма Lactobacillusит.п.Lactobacillus и т.п.Lactobacillusит.п. сильно определяет температурные и pH‑кардиналы и механизм ингибирования недионизованнаяформакислотыможетбытьболеетоксичнанедионизованная форма кислоты может быть более токсичнанедионизованнаяформакислотыможетбытьболеетоксична.Возможна субстратная и продуктная ингибиция, смена метаболических путей при стрессе тогдаLuedeking–Piretможетстатьнедостаточнойтогда Luedeking–Piret может стать недостаточнойтогдаLuedeking–Piretможетстатьнедостаточной.При больших кислотностях возможна гибель клеток — учитывать k_d и потерю активности.
7) Пример минимальной стратегии экспериментов для запуска модели
Серия batch‑опытов при 4–6 температурах фиксированныйpH,напримерpHoptфиксированный pH, например pH_optфиксированныйpH,напримерpHopt, измерения X,S,P,pH каждые 1–2 ч в фазе роста.Серия pH‑stat опытов при 4–6 pH фиксированнаяTфиксированная TфиксированнаяT, аналогичные измерения.Несколько опытов с разным началь. S для оценки K_s и выходов Y.1–2 опыта с добавленным начальным P для измерения ингибирования.Доп. chemostat при 3–5 скоростях оттока для точной оценки μ_max и K_s еслиестьвозможностьесли есть возможностьеслиестьвозможность.
Если хотите, могу:
предложить конкретный набор уравнений с номерами параметров для подгонки под ваши условия видмикроорганизма,диапазонTиpHвид микроорганизма, диапазон T и pHвидмикроорганизма,диапазонTиpH;разработать план экспериментов матрицасочетанийpHиT,частотазамеров,объёмрепликматрица сочетаний pH и T, частота замеров, объём репликматрицасочетанийpHиT,частотазамеров,объёмреплик;подготовить шаблон для оценки параметров в Python/Matlab ODE+оптимизаторODE + оптимизаторODE+оптимизатор.
Коротко: для описания скорости образования молочной кислоты при изменении pH и температуры обычно строят динамическую кинетическую модель, связывающую рост клеток, потребление субстрата и выработку продукта, где температурная и pH‑зависимости входят в выражения для удельных скоростей. Ниже — практическая схема такой модели, типичные уравнения, какие параметры нужно оценивать и какие экспериментальные данные собрать для верификации/калибровки.
1) Структура модели массовыебалансымассовые балансымассовыебалансы
Биомасса X г/Lг/Lг/L:
dX/dt = μS,T,pHS,T,pHS,T,pH·X − k_d·X
Субстрат S г/Lг/Lг/L, напр. глюкоза:
dS/dt = −1/YXS1/Y_XS1/YX S·μS,T,pHS,T,pHS,T,pH·X − m_S·X
YXS—выходбиомассыпосубстрату,mS—коэффициентобслуживанияY_XS — выход биомассы по субстрату, m_S — коэффициент обслуживанияYX S—выходбиомассыпосубстрату,mS —коэффициентобслуживания
Продукт P молочнаякислота,г/Lмолочная кислота, г/Lмолочнаякислота,г/L:
можно использовать Luedeking–Piret:
dP/dt = α·dX/dt + β·X
α—рост‑ассоциированнаячасть,β—не‑ростоваяα — рост‑ассоциированная часть, β — не‑ростоваяα—рост‑ассоциированнаячасть,β—не‑ростовая либо r_P = q_PS,T,pHS,T,pHS,T,pH·X удельнаяскоростьсинтезаудельная скорость синтезаудельнаяскоростьсинтеза
ОпциональноОпциональноОпционально масса ионизованной/недионизованной кислоты и pH:
учитывать кислотно‑основное равновесие pKa≈3.86pKa ≈ 3.86pKa≈3.86 и емкость буфера:
P_tot = Lac−Lac−Lac− + HLacHLacHLac; pH связан через Henderson–Hasselbalch,
pH = pKa + log[Lac−]/[HLac][Lac−]/[HLac][Lac−]/[HLac] при наличиe буферов и титрующих добавок нужен баланс зарядов / массовый баланс гидрогенионов.
2) Формы алгебраических скоростей
Зависимость роста от субстрата: Monod
μ_S = μ_maxTTT · S/Ks+SK_s + SKs +S
Влияние pH и температуры — мультипликативный подход:
μS,T,pHS,T,pHS,T,pH = μ_maxTTT · S/Ks+SK_s + SKs +S · f_pHpHpHpH · f_PIPPP где f_pHpHpHpH — функция 0..10..10..1 описывающая влияние pH колоколоподобнаяколоколоподобнаяколоколоподобная, f_PIPPP — ингибирование продуктом.
Примеры функций:
Температура:
μ_maxTTT = μ_ref · exp−Ea/R⋅(1/T−1/Tref)−Ea/R · (1/T − 1/T_ref)−Ea/R⋅(1/T−1/Tr ef) АррениусАррениусАррениус или Ratkowsky: μ_max = b·T−TminT − T_minT−Tm in^2 длямикроорганизмовчастолучшедля микроорганизмов часто лучшедлямикроорганизмовчастолучше
pH:
f_pHpHpHpH = exp−((pH−pHopt)2)/(2σpH2)−((pH − pH_opt)^2)/(2σ_pH^2)−((pH−pHo pt)2)/(2σp H2) гауссовприближ.гауссов приближ.гауссовприближ. либо кардинальная модель с pH_min/pH_opt/pH_max empiricalempiricalempirical
Ингибирование продуктом:
f_PIPPP = 1/1+P/Ki1 + P/K_i1+P/Ki или exp−kP⋅P−k_P·P−kP ⋅P выбиратьподаннымвыбирать по даннымвыбиратьподанным
Продукция:
Luedeking–Piret: dP/dt = α·dX/dt + β·X
либо q_PS,T,pHS,T,pHS,T,pH = q_P_maxTTT·S/Kp+SK_p + SKp +S·f_pH·f_PI
3) Какие параметры нужно оценить
μ_maxTTT иеёпараметры:EaилиbиTminи её параметры: Ea или b и T_minиеёпараметры:EaилиbиTm inK_s МонораМонораМонораK_i ингибированиепродуктомингибирование продуктомингибированиепродуктом и/или параметры f_PIpH_opt, σ_pH илиpHmin/pHmaxили pH_min/pH_maxилиpHm in/pHm axY_X/S, Y_P/S илиαиβвLuedeking–Piretили α и β в Luedeking–PiretилиαиβвLuedeking–Piretm_S обслуживаниеобслуживаниеобслуживание, k_d смертностьсмертностьсмертностьПараметры кислотно‑основной модели pKa,емкостьбуфера,константыбуферовpKa, емкость буфера, константы буферовpKa,емкостьбуфера,константыбуферов — если модель включает pH‑динамику4) Какие экспериментальные данные нужны рекомендациирекомендациирекомендации
Серии опытов с временными рядами batchилиfed‑batch;длянекоторыхпараметров—chemostatbatch или fed‑batch; для некоторых параметров — chemostatbatchилиfed‑batch;длянекоторыхпараметров—chemostat:
Биомасса X g/Lg/Lg/L — сушка/конверсия OD→г/лСубстрат S глюкозаглюкозаглюкоза г/Lг/Lг/L — HPLC/энзиматический тестМолочная кислота P г/Lг/Lг/L — HPLC/ионическая хроматографияpH мгновенныеизмерениямгновенные измерениямгновенныеизмеренияТемпература контролируемаяконтролируемаяконтролируемаяПри необходимости: доля недиссоциированной кислоты титрованиетитрованиетитрование, клеточная жизнеспособность, растворённый O2 еслиприсутствуетO2если присутствует O2еслиприсутствуетO2Для каждого опыта в каждый момент времени частаядискретизациявфазахбыстрогоростачастая дискретизация в фазах быстрого ростачастаядискретизациявфазахбыстрогороста:
Дизайн экспериментов для оценки зависимостей:
Для температурной зависимости: серию опытов при разных постоянных T например5–7точекврабочеминтерваленапример 5–7 точек в рабочем интерваленапример5–7точекврабочеминтервале, при том же начальном S и контролируемом pH илификсированномбуфереили фиксированном буфереилификсированномбуфере, чтобы оценить μ_maxTTT.Для pH‑зависимости: серии при фиксированных T и фиксированном S, но при разных фиксированных pH pH‑statpH‑statpH‑stat → получить μpHpHpH и q_PpHpHpH.Для определения K_s и μ_max: нерегулируемые batch и/или chemostat сериянепрерывныхрежимовприразныхμдляопределенияMonod‑параметровсерия непрерывных режимов при разных μ для определения Monod‑параметровсериянепрерывныхрежимовприразныхμдляопределенияMonod‑параметров.Для определения α и β: из временных рядов Pttt и Xttt построить регрессию Luedeking–Piret графикdP/dtvsdX/dtиXграфик dP/dt vs dX/dt и XграфикdP/dtvsdX/dtиX.Для оценки ингибирования продуктом: серия опытов с заранее добавленным начальным P спайкспайкспайк или накапливающийся P, чтобы посмотреть влияние на μ и q_P.Для pH‑динамики/буфера: измерять общий лактат PtotP_totPt ot и pH, проводить титрацию или определять буферную ёмкость; при моделировании pH потребуется информация о присутствующих буферах и их концентрациях.Повторности и покрытие:
Дубли/трипликаты для оценки разброса.Факториальный эксперимент pH×TpH × TpH×T или план центрального композиционного дизайна для оценки взаимодействий pH и T при ограниченном числе опытов.5) Процесс идентификации и верификации
Предобработка: сглаживание/оценка dX/dt, dP/dt илииспользоватьпараметризациючерезODEиинтегрироватьприфиттингеили использовать параметризацию через ODE и интегрировать при фиттингеилииспользоватьпараметризациючерезODEиинтегрироватьприфиттинге.Оценка параметров: нелинейная регрессия / оптимизация LSQLSQLSQ по интегрированным ODE например,Levenberg–Marquardt,глобальнаяоптимизацияпримульти‑модальномнапример, Levenberg–Marquardt, глобальная оптимизация при мульти‑модальномнапример,Levenberg–Marquardt,глобальнаяоптимизацияпримульти‑модальном.Оценка погрешностей и идентифицируемости: профили правдоподобия, бутстрэп, локальная/глобальная чувствительность.Валидация: предсказать поведение при новых неиспользованныхприкалибровкене использованных при калибровкенеиспользованныхприкалибровке комбинациях pH и T и сравнить с экспериментами.Метрики качества: RMSE, R^2, распределение остатков, визуальный контроль времени‑серий.6) Практические замечания и возможные усложнения
pH динамически меняется в процессе: простой подход — управлять pH pH‑statpH‑statpH‑stat в отдельных сериях, чтобы отделить влияние pH от накопления продукта; для прогностической модели нужно учитывать кислотно‑основное равновесие и буферность среды.Вид микроорганизма Lactobacillusит.п.Lactobacillus и т.п.Lactobacillusит.п. сильно определяет температурные и pH‑кардиналы и механизм ингибирования недионизованнаяформакислотыможетбытьболеетоксичнанедионизованная форма кислоты может быть более токсичнанедионизованнаяформакислотыможетбытьболеетоксична.Возможна субстратная и продуктная ингибиция, смена метаболических путей при стрессе тогдаLuedeking–Piretможетстатьнедостаточнойтогда Luedeking–Piret может стать недостаточнойтогдаLuedeking–Piretможетстатьнедостаточной.При больших кислотностях возможна гибель клеток — учитывать k_d и потерю активности.7) Пример минимальной стратегии экспериментов для запуска модели
Серия batch‑опытов при 4–6 температурах фиксированныйpH,напримерpHoptфиксированный pH, например pH_optфиксированныйpH,напримерpHo pt, измерения X,S,P,pH каждые 1–2 ч в фазе роста.Серия pH‑stat опытов при 4–6 pH фиксированнаяTфиксированная TфиксированнаяT, аналогичные измерения.Несколько опытов с разным началь. S для оценки K_s и выходов Y.1–2 опыта с добавленным начальным P для измерения ингибирования.Доп. chemostat при 3–5 скоростях оттока для точной оценки μ_max и K_s еслиестьвозможностьесли есть возможностьеслиестьвозможность.Если хотите, могу:
предложить конкретный набор уравнений с номерами параметров для подгонки под ваши условия видмикроорганизма,диапазонTиpHвид микроорганизма, диапазон T и pHвидмикроорганизма,диапазонTиpH;разработать план экспериментов матрицасочетанийpHиT,частотазамеров,объёмрепликматрица сочетаний pH и T, частота замеров, объём репликматрицасочетанийpHиT,частотазамеров,объёмреплик;подготовить шаблон для оценки параметров в Python/Matlab ODE+оптимизаторODE + оптимизаторODE+оптимизатор.