Коротко: потому что молекулы воды почти не поглощают видимый свет и среда почти не рассеивает его — поэтому видимый свет проходит сквозь воду.

Пояснение:

Энергетические уровни молекулы воды таковы, что электронные переходы требуют энергии в ультрафиолетовой области, а колебательные (вибрационные) переходы — в инфракрасной. Видимая область находится между (400\text{–}700\ \text{нм}), и в ней поглощение воды очень слабое, поэтому свет проходит.Низкое рассеяние в однородной прозрачной жидкости также важно: интенсивность Рэлеевского рассеяния убывает с длиной волны как (I\propto 1/\lambda^4), поэтому в чистой воде рассеяние невелико.В больших объёмах остаётся небольшое поглощение красной части спектра, поэтому глубокая вода выглядит слегка синей (красные длины волны поглощаются сильнее).Примеси и взвешенные частицы увеличивают поглощение и рассеяние и делают воду мутной или окрашенной.