Лучше всего создавать папки по категориям. Например "Видео", "Музыка", "Документы", "Программы" и так далее. И в каждой из этих папок создавать уже нужные подпапки. Это позволит быстро находить нужные файлы и не перегружать отдельные папки избыточным количеством файлов.

Если у вас Windows 7 - Windows 10, то подобная структура уже создана разработчиками за вас. Просто перейдите в папку "Этот компьютер" или "Библиотеки", и вы увидите папки "Изображения", "Документы" и т.д. Но их использование (особенно для больших файлов) не очень целесообразно, т.к. это перегружает системный диск лишней информацией. Кроме того, после переустановки системы эти файлы можно потерять.