Выражение "мухи - отдельно, котлеты - отдельно" обычно используется для обозначения необходимости разделять различные аспекты какой-либо задачи или проблемы. В данном контексте оно не предполагает упоминания протоколов взаимодействия мух с котлетами, так как в данном случае фраза просто утверждает, что каждый элемент должен быть рассмотрен отдельно и не должен быть смешан с другими.

Протоколы взаимодействия мух с котлетами не упоминаются, потому что это выражение является метафорой, а не конкретным описанием какой-либо конкретной ситуации или протокола. Конечно, в реальной жизни существуют протоколы взаимодействия между различными элементами или участниками, но данное выражение не обращает на них внимания, поскольку его цель - подчеркнуть необходимость разделения и четкой структуризации элементов.