Смоделируйте распространение эпидемии с использованием модели SIR для гипотетического города: опишите подбор параметров β и γ, проанализируйте устойчивость равновесий и продемонстрируйте, как ввод ограничений (локдауны, вакцинация) меняет динамику
Модель SIR (замкнутое население, без рождаемости/смертности) dSdt=−βSIN,dIdt=βSIN−γI,dRdt=γI.
\frac{dS}{dt}=-\beta \frac{S I}{N},\qquad \frac{dI}{dt}=\beta \frac{S I}{N}-\gamma I,\qquad \frac{dR}{dt}=\gamma I. dtdS=−βNSI,dtdI=βNSI−γI,dtdR=γI. Подбор параметров β и γ - γ — скорость выхода из инфекционного состояния: γ=1/Tinf\gamma=1/T_{\mathrm{inf}}γ=1/Tinf, где TinfT_{\mathrm{inf}}Tinf — средняя продолжительность заразности (дни). Пример: Tinf=5T_{\mathrm{inf}}=5Tinf=5 дн ⇒γ=0.2 д−1\Rightarrow \gamma=0.2\ \text{д}^{-1}⇒γ=0.2д−1. - β — средняя скорость передачи: β=c⋅ptrans\beta=c\cdot p_{\text{trans}}β=c⋅ptrans (контакты в день × вероятность передачи за контакт). Практически β подбирают по целевому базовому репродукционному числу R0=βγ.
R_0=\frac{\beta}{\gamma}. R0=γβ.
Пример для гипотетического города (N=100000): взять R0=2.5R_0=2.5R0=2.5 и γ=0.2\gamma=0.2γ=0.2 даёт β=R0γ=0.5\beta=R_0\gamma=0.5β=R0γ=0.5. Начальные условия: пусть I(0)=10, S(0)=N−I(0), R(0)=0I(0)=10,\ S(0)=N-I(0),\ R(0)=0I(0)=10,S(0)=N−I(0),R(0)=0. Устойчивость равновесий - В замкнутой SIR-системе стационарные состояния имеют I∗=0I^*=0I∗=0 (всякое S∗S^*S∗, R∗=N−S∗R^*=N-S^*R∗=N−S∗). Линейзация по малому III даёт собственное значение λ=βS∗N−γ.
\lambda=\beta\frac{S^*}{N}-\gamma. λ=βNS∗−γ.
- Если βS∗N<γ\beta \frac{S^*}{N}<\gammaβNS∗<γ (т.е. Reff=βS∗γN<1R_{\mathrm{eff}}=\frac{\beta S^*}{\gamma N}<1Reff=γNβS∗<1), то малые возмущения убывают — состояние без инфекции устойчиво. Если Reff>1R_{\mathrm{eff}}>1Reff>1, то инфекция растёт (неустойчиво). - В классической SIR без демографии эндемического устойчивого состояния с I∗>0I^*>0I∗>0 нет: эпидемия либо растёт и затем умирает, оставляя конечный накопленный иммунитет. При наличии рождаемости/смертности появляется эндемическое равновесие при R0>1R_0>1R0>1 (не обязателен для данной постановки). Конечный размер эпидемии (формула «final size») нормализуем s=S/Ns=S/Ns=S/N. Для начального s(0)≈1s(0)\approx1s(0)≈1 решение для доли уязвимых в конце s∞s_\inftys∞ удовлетворяет неявному уравнению lns∞−lns(0)=−R0(1−s∞).
\ln s_\infty-\ln s(0) = -R_0\big(1-s_\infty\big). lns∞−lns(0)=−R0(1−s∞).
Пример: для R0=2.5, s(0)≈1R_0=2.5,\ s(0)\approx1R0=2.5,s(0)≈1 решение даёт s∞≈0.11s_\infty\approx0.11s∞≈0.11, итоговая доля переболевших 1−s∞≈0.891-s_\infty\approx0.891−s∞≈0.89 (≈89000 из 100000). Пик эпидемии: достигается при S/N=1/R0S/N=1/R_0S/N=1/R0. Условие пика: βS/N=γ\beta S/N=\gammaβS/N=γ. Влияние ограничений (локдауны) и вакцинации 1) Локдаун (снижение контактов) моделируется как временная функция β(t)=κ(t)β\beta(t)=\kappa(t)\betaβ(t)=κ(t)β с κ∈[0,1]\kappa\in[0,1]κ∈[0,1]. - Если во время локдауна κβ/γ<1\kappa\beta/\gamma<1κβ/γ<1 то во время действия локдауна I(t)I(t)I(t) начинает убывать (R_eff<1). Если локдаун временный, при ослаблении κ\kappaκ эпидемия может возобновиться — локдаун снижает пик и даёт отсрочку, но не обязательно снижает конечный размер без сопутствующих мер или пока доля уязвимых не уменьшится. - Пример: при исходных β=0.5,γ=0.2\beta=0.5,\gamma=0.2β=0.5,γ=0.2 (R0=2.5) снижение β на 60% (κ=0.4\kappa=0.4κ=0.4) даёт β′=0.2, R0′=1.0\beta'=0.2,\ R_0'=1.0β′=0.2,R0′=1.0 — граница роста. Снижение на 70% (κ=0.3\kappa=0.3κ=0.3) даёт R0′=0.75<1R_0'=0.75<1R0′=0.75<1 — эпидемия затухает. 2) Вакцинация: - Одновременная вакцинация доли ppp в начале уменьшает начальную уязвимую долю: s(0)=(1−p)s(0)=(1-p)s(0)=(1−p). Эффективное репродукционное число становится Reff=R0(1−p).
R_{\mathrm{eff}}=R_0(1-p). Reff=R0(1−p).
- Порог коллективного иммунитета (теоретический): pc=1−1/R0p_c=1-1/R_0pc=1−1/R0. Для R0=2.5R_0=2.5R0=2.5 это pc=1−0.4=0.6p_c=1-0.4=0.6pc=1−0.4=0.6 (60%). Вакцинация >60% предотвращает крупную эпидемию. - Формула конечного размера при предвакцинации ppp: lns∞−ln(1−p)=−R0(1−s∞).
\ln s_\infty-\ln(1-p) = -R_0\big(1-s_\infty\big). lns∞−ln(1−p)=−R0(1−s∞).
- Пример: при p=0.7p=0.7p=0.7 имеем Reff=2.5×0.3=0.75<1R_{\mathrm{eff}}=2.5\times0.3=0.75<1Reff=2.5×0.3=0.75<1 — крупной эпидемии не будет, вторичных вспышек незначительны. Короткое суммирование практических выводов - Основной контрольный параметр — R0=β/γR_0=\beta/\gammaR0=β/γ. Требуется привести Reff=βSγNR_{\mathrm{eff}}=\frac{\beta S}{\gamma N}Reff=γNβS ниже 1, чтобы эпидемия затухла. - Локдауны действуют мгновенно на β\betaβ и снижают пик/ускоряют спад при достаточном снижении, но временные ограничения дают лишь отсрочку, если не сопровождать вакцинацией или длительным ограничением. - Вакцинация уменьшает SSS и даёт устойчивый эффект: при покрытии выше pcp_cpc крупная эпидемия невозможна. Если нужно, могу: 1) привести численную интеграцию (графики I(t), S(t), R(t)) для указанных параметров; 2) показать сценарии «локдаун без вакцинации», «локдаун + вакцинация», «разные уровни вакцинации».
dSdt=−βSIN,dIdt=βSIN−γI,dRdt=γI. \frac{dS}{dt}=-\beta \frac{S I}{N},\qquad
\frac{dI}{dt}=\beta \frac{S I}{N}-\gamma I,\qquad
\frac{dR}{dt}=\gamma I.
dtdS =−βNSI ,dtdI =βNSI −γI,dtdR =γI.
Подбор параметров β и γ
- γ — скорость выхода из инфекционного состояния: γ=1/Tinf\gamma=1/T_{\mathrm{inf}}γ=1/Tinf , где TinfT_{\mathrm{inf}}Tinf — средняя продолжительность заразности (дни). Пример: Tinf=5T_{\mathrm{inf}}=5Tinf =5 дн ⇒γ=0.2 д−1\Rightarrow \gamma=0.2\ \text{д}^{-1}⇒γ=0.2 д−1.
- β — средняя скорость передачи: β=c⋅ptrans\beta=c\cdot p_{\text{trans}}β=c⋅ptrans (контакты в день × вероятность передачи за контакт). Практически β подбирают по целевому базовому репродукционному числу
R0=βγ. R_0=\frac{\beta}{\gamma}.
R0 =γβ . Пример для гипотетического города (N=100000): взять R0=2.5R_0=2.5R0 =2.5 и γ=0.2\gamma=0.2γ=0.2 даёт β=R0γ=0.5\beta=R_0\gamma=0.5β=R0 γ=0.5.
Начальные условия: пусть I(0)=10, S(0)=N−I(0), R(0)=0I(0)=10,\ S(0)=N-I(0),\ R(0)=0I(0)=10, S(0)=N−I(0), R(0)=0.
Устойчивость равновесий
- В замкнутой SIR-системе стационарные состояния имеют I∗=0I^*=0I∗=0 (всякое S∗S^*S∗, R∗=N−S∗R^*=N-S^*R∗=N−S∗). Линейзация по малому III даёт собственное значение
λ=βS∗N−γ. \lambda=\beta\frac{S^*}{N}-\gamma.
λ=βNS∗ −γ. - Если βS∗N<γ\beta \frac{S^*}{N}<\gammaβNS∗ <γ (т.е. Reff=βS∗γN<1R_{\mathrm{eff}}=\frac{\beta S^*}{\gamma N}<1Reff =γNβS∗ <1), то малые возмущения убывают — состояние без инфекции устойчиво. Если Reff>1R_{\mathrm{eff}}>1Reff >1, то инфекция растёт (неустойчиво).
- В классической SIR без демографии эндемического устойчивого состояния с I∗>0I^*>0I∗>0 нет: эпидемия либо растёт и затем умирает, оставляя конечный накопленный иммунитет. При наличии рождаемости/смертности появляется эндемическое равновесие при R0>1R_0>1R0 >1 (не обязателен для данной постановки).
Конечный размер эпидемии (формула «final size»)
нормализуем s=S/Ns=S/Ns=S/N. Для начального s(0)≈1s(0)\approx1s(0)≈1 решение для доли уязвимых в конце s∞s_\inftys∞ удовлетворяет неявному уравнению
lns∞−lns(0)=−R0(1−s∞). \ln s_\infty-\ln s(0) = -R_0\big(1-s_\infty\big).
lns∞ −lns(0)=−R0 (1−s∞ ). Пример: для R0=2.5, s(0)≈1R_0=2.5,\ s(0)\approx1R0 =2.5, s(0)≈1 решение даёт s∞≈0.11s_\infty\approx0.11s∞ ≈0.11, итоговая доля переболевших 1−s∞≈0.891-s_\infty\approx0.891−s∞ ≈0.89 (≈89000 из 100000).
Пик эпидемии: достигается при S/N=1/R0S/N=1/R_0S/N=1/R0 . Условие пика: βS/N=γ\beta S/N=\gammaβS/N=γ.
Влияние ограничений (локдауны) и вакцинации
1) Локдаун (снижение контактов) моделируется как временная функция β(t)=κ(t)β\beta(t)=\kappa(t)\betaβ(t)=κ(t)β с κ∈[0,1]\kappa\in[0,1]κ∈[0,1].
- Если во время локдауна κβ/γ<1\kappa\beta/\gamma<1κβ/γ<1 то во время действия локдауна I(t)I(t)I(t) начинает убывать (R_eff<1). Если локдаун временный, при ослаблении κ\kappaκ эпидемия может возобновиться — локдаун снижает пик и даёт отсрочку, но не обязательно снижает конечный размер без сопутствующих мер или пока доля уязвимых не уменьшится.
- Пример: при исходных β=0.5,γ=0.2\beta=0.5,\gamma=0.2β=0.5,γ=0.2 (R0=2.5) снижение β на 60% (κ=0.4\kappa=0.4κ=0.4) даёт β′=0.2, R0′=1.0\beta'=0.2,\ R_0'=1.0β′=0.2, R0′ =1.0 — граница роста. Снижение на 70% (κ=0.3\kappa=0.3κ=0.3) даёт R0′=0.75<1R_0'=0.75<1R0′ =0.75<1 — эпидемия затухает.
2) Вакцинация:
- Одновременная вакцинация доли ppp в начале уменьшает начальную уязвимую долю: s(0)=(1−p)s(0)=(1-p)s(0)=(1−p). Эффективное репродукционное число становится
Reff=R0(1−p). R_{\mathrm{eff}}=R_0(1-p).
Reff =R0 (1−p). - Порог коллективного иммунитета (теоретический): pc=1−1/R0p_c=1-1/R_0pc =1−1/R0 . Для R0=2.5R_0=2.5R0 =2.5 это pc=1−0.4=0.6p_c=1-0.4=0.6pc =1−0.4=0.6 (60%). Вакцинация >60% предотвращает крупную эпидемию.
- Формула конечного размера при предвакцинации ppp:
lns∞−ln(1−p)=−R0(1−s∞). \ln s_\infty-\ln(1-p) = -R_0\big(1-s_\infty\big).
lns∞ −ln(1−p)=−R0 (1−s∞ ). - Пример: при p=0.7p=0.7p=0.7 имеем Reff=2.5×0.3=0.75<1R_{\mathrm{eff}}=2.5\times0.3=0.75<1Reff =2.5×0.3=0.75<1 — крупной эпидемии не будет, вторичных вспышек незначительны.
Короткое суммирование практических выводов
- Основной контрольный параметр — R0=β/γR_0=\beta/\gammaR0 =β/γ. Требуется привести Reff=βSγNR_{\mathrm{eff}}=\frac{\beta S}{\gamma N}Reff =γNβS ниже 1, чтобы эпидемия затухла.
- Локдауны действуют мгновенно на β\betaβ и снижают пик/ускоряют спад при достаточном снижении, но временные ограничения дают лишь отсрочку, если не сопровождать вакцинацией или длительным ограничением.
- Вакцинация уменьшает SSS и даёт устойчивый эффект: при покрытии выше pcp_cpc крупная эпидемия невозможна.
Если нужно, могу: 1) привести численную интеграцию (графики I(t), S(t), R(t)) для указанных параметров; 2) показать сценарии «локдаун без вакцинации», «локдаун + вакцинация», «разные уровни вакцинации».