В центре церковных споров обычно стояли различия в вероучении, понимании богослужения, назначении и власти церковных должностных лиц, а также вопросы, касающиеся догматов и канонов церковной жизни. Некоторые из самых известных церковных споров в истории включали проблемы связанные с требованиями реформации церкви, расколами на различные направления и секты, а также внутренние конфликты между высшими духовными иерархами.