После смуты церковь находилась в состоянии кризиса и разброда. Было разрушено множество церковных сооружений, утрачены многие ценные святыни, а также снизился моральный авторитет церкви перед населением. Однако в это время церковь также начала активно восстанавливаться и укреплять свои позиции в обществе.