Царська влада підтримувала владу православної церкви, яка була одним з головних опор самодержавства. Програмові документи Кирило-Мефодіївського товариства, що спрямовувалися на вивчення та поширення слов'янської мови та культури, могли підірвати вплив церкви на населення.

Робота Кирило-Мефодіївського товариства спричиняла зацікавленість українського населення у власній мові та культурі, а це може бути першим кроком до формування національної ідентичності і прагнення до самостійності.

Царська влада боялася, що розвиток української культури і мови може призвести до національного пробудження серед українців і, внаслідок цього, до сформування політичних чи соціальних рухів, які підірвали б самодержавство.

Представники Кирило-Мефодіївського товариства активно агітували за автономію чи навіть незалежність українських земель від Російської імперії, що було неприйнятним для царської влади, яка прагнула зберегти свою територіальну цілісність.